Считайте данные об экспрессии гена, экспортированные из программного обеспечения Illumina BeadStudio
IlmnStruct
= ilmnbsread(File
)
IlmnStruct
= ilmnbsread(File
,
...'Columns', ColumnsValue
, ...)
IlmnStruct
= ilmnbsread(File
,
...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue
, ...)
IlmnStruct
= ilmnbsread(File
,
...'CleanColNames', CleanColNamesValue
,
...)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла с разделением табуляцией или разделенного от запятой файла данных выражения, экспортированы из программного обеспечения Illumina® BeadStudio™. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. |
ColumnsValue | Массив ячеек, который задает имена столбцов, чтобы читать. Значением по умолчанию являются все имена столбцов. |
HeaderOnlyValue | Управляет населением только Header , ColumnNames , и TextColumnNames поля в IlmnStruct . Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
CleanColNamesValue | Управляет преобразованием любого ColumnNames содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
IlmnStruct | Структура MATLAB, содержащая данные, экспортирована из программного обеспечения Illumina BeadStudio. |
чтения IlmnStruct
= ilmnbsread(File
)File
, разграниченный вкладкой или разделенный от запятой файл данных выражения, экспортируемый из программного обеспечения Illumina BeadStudio, и, создает IlmnStruct
, структура MATLAB, содержащая следующие поля.
Поле | Описание |
---|---|
Header | Вектор символов, содержащий описание данных. |
TargetID | Массив ячеек, содержащий уникальные идентификаторы для целей на микромассиве экспрессии гена Illumina. |
ColumnNames | Массив ячеек, содержащий имена столбцов, которые содержат числовые данные в файле с разделением табуляцией, экспортируемом из программного обеспечения Illumina BeadStudio. |
Data | Матрица, содержащая числовые микроданные массива для каждой цели на микромассиве экспрессии гена Illumina. Примечание
|
TextColumnNames | Массив ячеек, содержащий имена столбцов, которые содержат нечисловые данные в файле с разделением табуляцией, экспортируемом из программного обеспечения Illumina BeadStudio. Это поле может быть пустым. |
TextData | Массив ячеек, содержащий нечисловые микроданные массива (такие как аннотации) для каждой цели на микромассиве экспрессии гена Illumina. Это поле может быть пустым. Примечание
|
вызовы IlmnStruct
= ilmnbsread (File
PropertyName
', PropertyValue
, ...)ilmnbsread
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
считывает данные только из столбцов, заданных IlmnStruct
= ilmnbsread(File
,
...'Columns', ColumnsValue
, ...)ColumnsValue
, массив ячеек имен столбцов. Поведение по умолчанию должно считать данные из всех столбцов.
управляет населением только IlmnStruct
= ilmnbsread(File
,
...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue
, ...)Header
, ColumnNames
, и TextColumnNames
поля в IlmnStruct
. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
управляет преобразованием любого IlmnStruct
= ilmnbsread(File
,
...'CleanColNames', CleanColNamesValue
,
...)ColumnNames
содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
Совет
Используйте 'CleanColNames'
свойство, если вы планируете использовать ColumnNames
поле как имена переменных.
Примечание
Файл экспрессии гена, TumorAdjacent-probe-raw.txt
используемый в следующем примере не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.
Считайте содержимое файла с разделением табуляцией, экспортируемого из программного обеспечения Illumina BeadStudio в структуру MATLAB.
ilmnStruct = ilmnbsread('TumorAdjacent-probe-raw.txt') ilmnStruct = Header: [1x1 struct] TargetID: {22184x1 cell} ColumnNames: {1x37 cell} Data: [22184x37 double] TextColumnNames: {1x23 cell} TextData: {22184x23 cell}
affyread
| agferead
| celintensityread
| galread
| geoseriesread
| geosoftread
| gprread
| ilmnbslookup
| imageneread
| magetfield
| sptread