isoelectric

Оцените изоэлектрическую точку для последовательности аминокислот

Синтаксис

pI = isoelectric(SeqAA)
[pI Charge] = isoelectric(SeqAA)
isoelectric(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
isoelectric(..., 'PKVals', PKValsValue)
isoelectric(..., 'Charge', ChargeValue)
isoelectric(..., 'Chart', ChartValue)

Аргументы

SeqAAПоследовательность аминокислот. Введите вектор символов, строку или вектор из целых чисел из таблицы Mapping Amino Acid Letter Codes to Integers. Примеры: 'ARN' или [1 2 3].
PKValsValueВектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла PK, содержащего таблицу pK значений для аминокислот, который.isoelectric использование, чтобы оценить изоэлектрическую точку (pI) из последовательности аминокислот. Для примера формата файла PK введите edit Emboss.pK в командной строке MATLAB®.
ChargeValueСвойство выбрать определенный pH для оценки заряда. Введите номер между 0 и 14. Значением по умолчанию является 7.2.
ChartValueУправляет графическим выводом графика заряда по сравнению с pH. Введите true или false.

Описание

pI = isoelectric(SeqAA) возвращает предполагаемую изоэлектрическую точку (pI) для последовательности аминокислот с помощью следующих pK значений:

N_term     8.6
K         10.8
R         12.5
H          6.5
D          3.9
E          4.1
C          8.5
Y         10.1
C_term     3.6

Изоэлектрическая точка является pH, на уровне которого белок имеет чистый заряд нуля.

[pI Charge] = isoelectric(SeqAA) возвращает предполагаемую изоэлектрическую точку (pI) поскольку последовательность аминокислот и предполагаемое взимают за данный pH (значением по умолчанию является типичный внутриклеточный pH 7.2).

Оценки скашиваются базовыми предположениями, что все аминокислоты полностью отсоединены растворителю, что соседние пептиды не имеют никакого влияния на pK никакой данной аминокислоты, и что конститутивные аминокислоты, а также N-и C-конечные-остановки, не модифицированы. Остатки цистеина, участвующие в двусернистых мостах также, влияют на истинное пи и не рассматриваются здесь. По умолчанию, isoelectric использует РЕЛЬЕФНУЮ аминокислоту pK таблица, или можно заменить другими значениями с помощью свойства PKVals.

  • Если последовательность содержит неоднозначные символы аминокислоты (b z * –), isoelectric игнорирует символы и отображает предупреждающее сообщение.

    Warning: Symbols other than the standard 20 amino acids 
    appear in the sequence.
  • Если последовательность содержит неопределенные символы аминокислоты (i j o), isoelectric игнорирует символы и отображает предупреждающее сообщение.

    Warning: Sequence contains unknown characters. These will
    be ignored.

isoelectric(..., 'PropertyName', PropertyValue,...) задает дополнительные свойства с помощью имени свойства / пары значения.

isoelectric(..., 'PKVals', PKValsValue) использование pK значения сохранено в PKValValues, файл PK, чтобы оценить изоэлектрическую точку (pI) из последовательности аминокислот. Для примера формата файла PK введите edit Emboss.pK в командной строке MATLAB.

isoelectric(..., 'Charge', ChargeValue) возвращает предполагаемый заряд последовательности для данного pH (ChargeValue).

isoelectric(..., 'Chart', ChartValue) когда ChartValue true, возвращает график, строящий заряд белка по сравнению с pH растворителя.

Примеры

% Get a sequence from PDB.
pdbSeq = getpdb('1CIV', 'SequenceOnly', true)
% Estimate its isoelectric point.
isoelectric(pdbSeq)

% Plot the charge against the pH for a short polypeptide sequence.
isoelectric('PQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGGWGQGGSHSQG', 'CHART', true)

% Get the Rh blood group D antigen from NCBI and calculate
% its charge at pH 7.3 (typical blood pH).
gpSeq = getgenpept('AAB39602')
[pI Charge] = isoelectric(gpSeq, 'Charge', 7.38)

Смотрите также

|

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте