Преобразуйте последовательность аминокислот от буквы до целочисленного представления
SeqInt
= aa2int(SeqChar
)
SeqChar | Одно из следующего:
|
SeqInt | Последовательность аминокислот задана вектором-строкой из целых чисел. |
преобразует SeqInt
= aa2int(SeqChar
)SeqChar
, вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды, задающие последовательность аминокислот, к SeqInt
, вектор-строка из целых чисел, задающих ту же последовательность аминокислот. Для допустимых алфавитных кодов см. таблицу Mapping Amino Acid Letter Codes to Integers.
Отображение алфавитных кодов аминокислоты к Целым числам
Аминокислота | Код | Целое число |
---|---|---|
Аланин | A | 1
|
Аргинин | R | 2
|
Аспарагин | N | 3
|
Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат) | D | 4
|
Цистеин | C | 5
|
Glutamine | Q | 6
|
Глутаминовая кислота (Глутамат) | E | 7
|
Глицин | G | 8
|
Гистидин | H | 9
|
Изолейцин | I | 10
|
Лейцин | L | 11
|
Лизин | K | 12
|
Метионин | M | 13
|
Фенилаланин | F | 14
|
Пролин | P | 15
|
Серин | S | 16
|
Треонин | T | 17
|
Триптофан | W | 18
|
Тирозин | Y | 19
|
Valine | V | 20
|
Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат) | B | 21
|
Glutamine или Glutamic acid (Глутамат) | Z | 22
|
Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | X | 23
|
Остановка перевода | * | 24
|
Разрыв неопределенной длины | - | 25
|
Неизвестный символ (любой символ или символ не в таблице) | ? | 0
|
aminolookup
| int2aa
| int2nt
| nt2int