aa2int

Преобразуйте последовательность аминокислот от буквы до целочисленного представления

Синтаксис

SeqInt = aa2int(SeqChar)

Входные параметры

SeqChar

Одно из следующего:

  • Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды, задающие последовательность аминокислот. Для допустимых алфавитных кодов см. таблицу Mapping Amino Acid Letter Codes to Integers. Неизвестные символы сопоставлены с 0. Целые числа произвольно присвоены буквам IUB/IUPAC.

  • Структура MATLAB®, содержащая Sequence поле, которое содержит последовательность аминокислот, такой, как возвращено fastaread, getgenpept, genpeptread, getpdb, или pdbread.

Выходные аргументы

SeqIntПоследовательность аминокислот задана вектором-строкой из целых чисел.

Описание

SeqInt = aa2int(SeqChar) преобразует SeqChar, вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды, задающие последовательность аминокислот, к SeqInt, вектор-строка из целых чисел, задающих ту же последовательность аминокислот. Для допустимых алфавитных кодов см. таблицу Mapping Amino Acid Letter Codes to Integers.

Отображение алфавитных кодов аминокислоты к Целым числам

АминокислотаКодЦелое число
Аланин A 1
Аргинин R 2
Аспарагин N 3
Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат) D 4
Цистеин C 5
Glutamine Q 6
Глутаминовая кислота (Глутамат) E 7
Глицин G 8
Гистидин H 9
Изолейцин I10
Лейцин L 11
Лизин K 12
Метионин M 13
Фенилаланин F 14
Пролин P 15
СеринS16
ТреонинT17
Триптофан W 18
Тирозин Y 19
Valine V 20
Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат) B 21
Glutamine или Glutamic acid (Глутамат)Z 22
Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) X 23
Остановка перевода * 24
Разрыв неопределенной длины - 25
Неизвестный символ (любой символ или символ не в таблице) ? 0

Примеры

свернуть все

Создайте случайную последовательность аминокислот.

seq = randseq(20,'alphabet','amino')
seq = 
'TYNYMRQLVVDVVITNHYSV'

Преобразуйте последовательность от буквы до целочисленного представления.

seqInt = aa2int(seq)
seqInt = 1x20 uint8 row vector

   17   19    3   19   13    2    6   11   20   20    4   20   20   10   17    3    9   19   16   20

Смотрите также

| | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте