Считайте аминокислоты в последовательности
AAStruct
=
aacount(SeqAA
)
AAStruct
= aacount(SeqAA
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)
AAStruct
= aacount(SeqAA
,
...'Gaps', GapsValue
, ...)
AAStruct
=
aacount(SeqAA
, ...'Chart', ChartValue
,
...)
| Одно из следующего:
Примеры: |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать неоднозначные символы аминокислоты (
|
GapsValue | Задает ли разрывы, обозначенные дефисом ( |
ChartValue | Вектор символов или строка, задающая тип диаграммы. Выбором является 'pie' или 'bar' . |
AAStruct | Структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля для стандартных 20 аминокислот (A R N D C Q E G H i L K M F P S T W Y , и V ). |
считает количество каждого типа аминокислоты в AAStruct
=
aacount(SeqAA
)SeqAA
, последовательность аминокислот, и возвращает количества в AAStruct
, структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля для стандартных 20 аминокислот (A
R
N
D
C
Q
E
G
H
i
L
K
M
F
P
S
T
W
Y
, и V
).
Неоднозначные символы аминокислоты (B
Z
, или X
), разрывы, обозначенные дефисом (-
), и терминаторы строки конца (*
) проигнорированы по умолчанию.
Нераспознанные символы проигнорированы и вызывают следующее предупреждающее сообщение.
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
вызовы AAStruct
= aacount (SeqAA
PropertyName
', PropertyValue
, ...)aacount
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает, как обработать неоднозначные символы аминокислоты (AAStruct
= aacount(SeqAA
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)B
Z
, или X
). Выбор:
'ignore'
(значение по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'individual'
'warn'
задает ли разрывы, обозначенные дефисом (AAStruct
= aacount(SeqAA
,
...'Gaps', GapsValue
, ...)-
), считаются или игнорируются. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
создает график, показывающий относительные пропорции аминокислот. AAStruct
=
aacount(SeqAA
, ...'Chart', ChartValue
,
...)ChartValue
может быть 'pie'
или 'bar'
.
aminolookup
| atomiccomp
| basecount
| codoncount
| dimercount
| isoelectric
| molweight
| proteinplot
| proteinpropplot
| seqviewer