Визуализируйте межмолекулярные расстояния в файле Банка данных белка (PDB)
pdbdistplot(
PDBid
)
pdbdistplot(PDBid
, Distance
)
pdbdistplot(___,'Chain',ChainID
)
pdbdistplot(___,'Model',ModelNum
)
pdbdistplot(___,'Hetero',TF
)
PDBid | Любое следующее:
Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, |
Distance | Пороговое расстояние в ангстремах, показанных на графике шпиона. Значением по умолчанию является |
ChainID | Любое следующее:
|
ModelNum | Положительное целое число, задающее, который модель рассмотреть. Значение по умолчанию равняется 1. |
pdbdistplot
отображает расстояния между атомами и между остатками в структуре PDB.
pdbdistplot(
получает структуру, заданную PDBid
)PDBid
от базы данных PDB и создает карту тепла, показывающую расстояния межостатка и график шпиона, показывающий остатки, где минимальные расстояния независимо меньше 7
ангстремы. Если кратные цепи присутствуют в PDBid
, создаются отдельные графики.
pdbdistplot(
задает пороговое расстояние, показанное на графике шпиона. Значением по умолчанию является PDBid
, Distance
)7
.
pdbdistplot(___,'Chain',
задает цепи, чтобы рассмотреть. По умолчанию все цепи, включенные в модель, рассматриваются.ChainID
)
pdbdistplot(___,'Model',
задает который структурная модель PDB рассмотреть. Значение по умолчанию равняется 1.ModelNum
)
pdbdistplot(___,'Hetero',
задает, включать ли атомы гетеросексуала в график взаимодействий остатка. TF
)TF
является логическим, true
или false
. Значением по умолчанию является false
.
Отобразите карту тепла расстояний межостатка и график шпиона в 7
ангстремы цитохрома белка C от тунца альбакора.
pdbdistplot('5CYT');
Отобразите график шпиона в 10
ангстремы той же структуры.
pdbdistplot('5CYT',10);
getpdb
| molviewer
| pdbread
| proteinplot
| ramachandran