pdbdistplot

Визуализируйте межмолекулярные расстояния в файле Банка данных белка (PDB)

Синтаксис

pdbdistplot(PDBid)
pdbdistplot(PDBid, Distance)
pdbdistplot(___,'Chain',ChainID)
pdbdistplot(___,'Model',ModelNum)
pdbdistplot(___,'Hetero',TF)

Аргументы

PDBid

Любое следующее:

  • Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для записи структуры белка.

  • Имя переменной для структуры MATLAB®, содержащей информацию о PDB для молекулярной структуры, такой, как возвращено getpdb или pdbread.

  • Имя файла, содержащего информацию о PDB для молекулярной структуры, такой, как создано getpdb с 'ToFile' свойство.

Примечание

Каждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, 4hhb идентификационный код для гемоглобина.

Distance

Пороговое расстояние в ангстремах, показанных на графике шпиона. Значением по умолчанию является 7.

ChainID

Любое следующее:

  • Вектор символов или строка, задающая цепочечный ID, чтобы рассмотреть.

  • Массивы ячеек из символьных векторов или вектор строки определение списка цепочечных идентификаторов, чтобы рассмотреть.

ChainID является чувствительным к регистру. По умолчанию все цепи, включенные в модель, рассматриваются.

ModelNum

Положительное целое число, задающее, который модель рассмотреть. Значение по умолчанию равняется 1.

Описание

pdbdistplot отображает расстояния между атомами и между остатками в структуре PDB.

pdbdistplot(PDBid) получает структуру, заданную PDBid от базы данных PDB и создает карту тепла, показывающую расстояния межостатка и график шпиона, показывающий остатки, где минимальные расстояния независимо меньше 7 ангстремы. Если кратные цепи присутствуют в PDBid, создаются отдельные графики.

pdbdistplot(PDBid, Distance) задает пороговое расстояние, показанное на графике шпиона. Значением по умолчанию является 7.

pdbdistplot(___,'Chain',ChainID) задает цепи, чтобы рассмотреть. По умолчанию все цепи, включенные в модель, рассматриваются.

pdbdistplot(___,'Model',ModelNum) задает который структурная модель PDB рассмотреть. Значение по умолчанию равняется 1.

pdbdistplot(___,'Hetero',TF) задает, включать ли атомы гетеросексуала в график взаимодействий остатка. TF является логическим, true или false. Значением по умолчанию является false.

Примеры

Отобразите карту тепла расстояний межостатка и график шпиона в 7 ангстремы цитохрома белка C от тунца альбакора.

pdbdistplot('5CYT');

Отобразите график шпиона в 10 ангстремы той же структуры.

pdbdistplot('5CYT',10);

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте