ramachandran

Постройте график Ramachandran для данных о Банке данных белка (PDB)

Синтаксис

ramachandran(PDBid) ramachandran(File) ramachandran(PDBStruct) RamaStruct = ramachandran(...) ramachandran(..., 'Chain', ChainValue, ...) ramachandran(..., 'Plot', PlotValue, ...) ramachandran(..., 'Model', ModelValue, ...) ramachandran(..., 'Glycine', GlycineValue, ...) ramachandran(..., 'Regions', RegionsValue, ...) ramachandran(..., 'RegionDef', RegionDefValue, ...)

Входные параметры

`PDBid`	Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена алфавитно-цифровым идентификатором с четырьмя символами. Например, `4hhb` идентификатор для гемоглобина.
`File`	Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла. Файл, на который ссылаются, является Банком данных белка (PDB) - отформатированный файл. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB^® или в Текущем каталоге MATLAB.
`PDBStruct`	Структура MATLAB, содержащая PDB-отформатированные-данные, такой, как возвращено `getpdb` или `pdbread`.
`ChainValue`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, который задает цепь (цепи), чтобы вычислить углы скрученности для и график. Выбор: `'All'` (значение по умолчанию) — Углы скрученности для всех цепей вычислены и построены. Вектор символов или строка, задающая цепочечный ID, который является чувствительным к регистру. Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, задающий цепочечные идентификаторы, которые являются чувствительными к регистру.
`PlotValue`	Вектор символов или строка, задающая, как построить цепи. Выбор: `'None'` — Графики ничто. `'Separate'` — Углы скрученности графиков для всех заданных цепей в отдельных графиках. `'Combined'` (значение по умолчанию) — Углы скрученности графиков для всех заданных цепей в одном построенном графике.
`ModelValue`	Целое число, которое задает модель структуры, чтобы рассмотреть. Значением по умолчанию является `1`.
`GlycineValue`	Управляет выделением глициновых остатков с кругом в графике. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию).
`RegionsValue`	Управляет рисунком областей ссылки Ramachandran в графике. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию). Области по умолчанию являются базовой предназначенной для правой руки альфой, базовой бетой, базовой предназначенной для левой руки альфой, и позволенный, с базовыми областями, соответствующими точкам данных предпочтительных значений psi/phi угловых пар и позволенным областям, соответствующим возможным, но порицаемым значениям psi/phi угловых пар, на основе простых энергетических факторов. Контуры этих областей по умолчанию основаны на вычислениях Моррисом и др., 1992. Примечание При использовании палитры по умолчанию, красной = предназначенная для правой руки базовая альфа, базовая бета и базовая предназначенная для левой руки альфа, в то время как желтый = позволенный.
`RegionDefValue`	Структура MATLAB или массив структур (при определении нескольких областей) содержащий информацию (имя, цвет и контуры) для пользовательских ссылочных областей в графике Ramachandran. Каждая структура должна содержать следующие поля: `Name` — Вектор символов или строка, задающая имя для области. `Color` — Вектор символов или строка или трехэлементный числовой вектор из значений RGB, задающих цвет для области в графике. `Patch` — 2 N матрицей значений, первая строка, содержащая угол скрученности phi (Φ) значения и вторая строка, содержащая угол скрученности psi (Ψ) значения. Когда psi/phi угловые пары построены, точки данных задают контуры для области. N является количеством точек данных, должен был задать область. Совет Если вы задаете пользовательские ссылочные области, в которых меньшая область содержится или покрывается более крупной областью, перечислите структуру для меньшей области сначала в массиве так, чтобы это было построено последнее и видимое в графике.

Выходные аргументы

RamaStruct

Структура MATLAB или массив структур (если белок содержит кратные цепи). Каждая структура содержит следующие поля:

Angles
ResidueNum
ResidueName
Chain
HPoints

Для описаний полей см. следующую таблицу.

Описание

График Ramachandran является графиком угла скрученности phi, Φ, (угол скрученности между C-N-CA-C атомы) по сравнению с углом скрученности psi, Ψ, (угол скрученности между N-CA-C-N атомы) для каждого остатка последовательности белка.

ramachandran(PDBid) генерирует график Ramachandran для белка, заданного идентификатором базы данных PDB PDBid.

ramachandran(File) генерирует график Ramachandran для белка, заданного File, PDB-отформатированный файл.

ramachandran(PDBStruct) генерирует график Ramachandran для белка, сохраненного в PDBStruct, структура MATLAB, содержащая PDB-отформатированные-данные, такой, как возвращено getpdb или pdbread.

RamaStruct = ramachandran(...) возвращает структуру MATLAB или массив структур (если белок содержит кратные цепи). Каждая структура содержит следующие поля.

Поле	Описание
`Angles`	Матрица с тремя столбцами, содержащая углы скрученности phi (Φ), psi (Ψ), и омега (ω) для каждого остатка в последовательности, упорядоченной порядковым номером остатка. Количество строк в матрице равно количеству строк в `ResidueNum` вектор-столбец, который может использоваться, чтобы определить, какой остаток соответствует каждой строке в `Angles` матрица. Примечание `Angles` матрица содержит строку для каждого номера в области значений порядковых номеров остатка, включая порядковые номера остатка, отсутствующие в файле PDB. Строки, соответствующие порядковым номерам остатка, отсутствующим в файле PDB, содержат значение `NaN`.
`ResidueNum`	Вектор-столбец, содержащий порядковые номера остатка из файла PDB. Примечание `ResidueNum` вектор запускается с одного из следующего: Самый низкий порядковый номер остатка (если самый низкий порядковый номер остатка отрицателен или нуль), Номер `1` (если самый низкий порядковый номер остатка положителен), `ResidueNum` векторные концы с самым высоким порядковым номером остатка и включают все числа в область значений, включая порядковые номера остатка, отсутствующие в файле PDB. Углы перечислены в `Angles` матрица находится в том же порядке как порядковые номера остатка в `ResidueNum` вектор. Поэтому можно использовать `ResidueNum` вектор, чтобы определить, какой остаток соответствует каждой строке в `Angles` матрица.
`ResidueName`	Вектор-столбец, содержащий остаток, называет для белка.
`Chain`	Вектор символов или строка, задающая цепи в белке.
`HPoints`	Обработайте к точкам данных в графике.

ramachandran (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы ramachandran с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

ramachandran(..., 'Chain', ChainValue, ...) задает цепь (цепи), чтобы вычислить углы скрученности для и график. Выбор:

'All' (значение по умолчанию) — Углы скрученности для всех цепей вычислены и построены.
Вектор символов или строка, задающая цепочечный ID, который является чувствительным к регистру.
Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, задающий цепочечные идентификаторы, которые являются чувствительными к регистру.

ramachandran(..., 'Plot', PlotValue, ...) задает, как построить цепи. Выбор:

'None' — Графики ничто.
'Separate' — Углы скрученности графиков для всех заданных цепей в отдельных графиках.
'Combined' (значение по умолчанию) — Углы скрученности графиков для всех заданных цепей в одном построенном графике.

ramachandran(..., 'Model', ModelValue, ...) задает модель структуры, чтобы рассмотреть. Значением по умолчанию является 1.

ramachandran(..., 'Glycine', GlycineValue, ...) управляет выделением глициновых остатков с кругом в графике. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

ramachandran(..., 'Regions', RegionsValue, ...) управляет рисунком областей ссылки Ramachandran в графике. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Области по умолчанию являются базовой предназначенной для правой руки альфой, базовой бетой, базовой предназначенной для левой руки альфой, и позволенный, с базовыми областями, соответствующими точкам данных предпочтительных значений psi/phi угловых пар и позволенным областям, соответствующим возможным, но порицаемым значениям psi/phi угловых пар, на основе простых энергетических факторов. Контуры этих областей по умолчанию основаны на вычислениях Моррисом и др., 1992.

Примечание

При использовании палитры по умолчанию, затем красной = базовая предназначенная для правой руки альфа, базовая бета и базовая предназначенная для левой руки альфа, в то время как желтый = позволенный.

ramachandran(..., 'RegionDef', RegionDefValue, ...) указывает информацию (имя, цвет и контур) для пользовательских ссылочных областей в графике Ramachandran. RegionDefValue структура MATLAB или массив структур, содержащих следующие поля:

Name — Вектор символов или строка, задающая имя для области.
Color — Вектор символов или строка или трехэлементный числовой вектор из значений RGB, задающих цвет для области в графике.
Patch — 2 N матрицей значений, первая строка, содержащая угол скрученности phi (Φ) значения и вторая строка, содержащая угол скрученности psi (Ψ) значения. Когда psi/phi угловые пары построены, точки данных задают контур для области. N является количеством точек данных, должен был задать область.

Совет

Если вы задаете пользовательские ссылочные области, в которых меньшая область содержится или покрывается более крупной областью, перечислите структуру для меньшей области сначала в массиве так, чтобы это было построено последнее и видимое в графике.

Примеры

Пример 64. Строение графика Ramachandran

Постройте график Ramachandran для человеческого альбумина сыворотки, объединенного с octadecanoic кислотой, которая имеет идентификатор базы данных PDB 1E7I.

ramachandran('1E7I')

Пример 65. Строение графика Ramachandran для определенной цепи

Используйте getpdb функция, чтобы получить данные о структуре белка для человеческого соматотропина от базы данных PDB и сохранить информацию к файлу.
```
getpdb('1a22','ToFile','1a22.pdb');
```
Вычислите углы скрученности и постройте график Ramachandran для цепи человеческого соматотропина, представленного в pdb файле, 1a22.pdb.
```
ChainA1a22Struct = ramachandran('1a22.pdb','chain','A')

ChainA1a22Struct =

         Angles: [191x3 double]
     ResidueNum: [191x1 double]
    ResidueName: {191x1 cell}
          Chain: 'A'
        HPoints: 370.0012
```

Пример 66. Рисование графиков Ramachandran с подсвеченными глициновыми остатками и областями Ramachandran

Используйте getpdb функция, чтобы получить данные о структуре белка для человеческого соматотропина от базы данных PDB и хранить информацию в структуре.
```
Struct1a22 = getpdb('1a22');
```
Постройте построенный Ramachandran для всех цепей человеческого соматотропина, представленного в pdb структуре, 1a22Struct. Подсветите глициновые остатки (с кругом) и чертите ссылочные области Ramachandran в графике.
```
ramachandran(Struct1a22,'glycine',true,'regions',true);
```
Совет
Кликните по точке данных, чтобы отобразить всплывающую подсказку с информацией об остатке. Кликните по области, чтобы отобразить всплывающую подсказку, задающую область. Нажмите и удержите клавишу Alt, чтобы отобразить несколько всплывающих подсказок.
Постройте отдельный график Ramachandran для каждой цепи человеческого соматотропина, представленного в pdb структуре, 1a22Struct. Подсветите глициновые остатки (с кругом) и чертите ссылочные области Ramachandran в графике.
```
ramachandran(Struct1a22,'plot','separate','chain','all',...
             'glycine',true,'regions',true)
```

Пример 67. Записывание разграниченного вкладкой файла отчета от структуры Ramachandran

Создайте массив двух структур, содержащих углы скрученности для цепей A и D в киназе белка Calcium/Calmodulin-dependent, которая имеет идентификатор базы данных PDB 1hkx.
```
a = ramachandran('1hkx', 'chain', {'A', 'D'})

a = 

1x2 struct array with fields:
    Angles
    ResidueNum
    ResidueName
    Chain
    HPoints
```

Запишите разграниченный вкладкой файл отчета, содержащий углы скрученности phi (Φ) и psi (Ψ) для цепей A и D в киназе белка Calcium/Calmodulin-dependent.

fid = fopen('rama_1hkx_report.txt', 'wt');

for c = 1:numel(a)
    for i = 1:length(a(c).Angles)
        if ~all(isnan(a(c).Angles(i,:)))
            fprintf(fid,'%s\t%d\t%s\t%f\t%f\n', a(c).Chain, ...
                a(c).ResidueNum(i), a(c).ResidueName{i}, ...
                a(c).Angles(i,1:2));
        end
    end
end

fclose(fid);

Просмотрите файл, который вы создали в редакторе MATLAB.
```
edit rama_1hkx_report.txt
```

Ссылки

[1] Моррис, A.L., Макартур, M.W., Хатчинсон, НАПРИМЕР, и Торнтон, J.M. (1992). Стереохимическое качество координат структуры белка. БЕЛКИ: структура, функция и генетика 12, 345–364.

Представлено до R2006a

Документация