pdbtransform

Примените линейное преобразование к 3-D структуре молекулы

Синтаксис

pdbtransform(PDB, Transf)
PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf)
... = pdbtransform(..., 'ModelNum', ModelNumValue, ...)
... = pdbtransform(..., 'Segment', SegmentValue, ...)

Входные параметры

PDB

Структура белка, представленная любым следующим:

  • Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных Protein Data Bank (PDB).

  • Переменная, содержащая PDB-отформатированную структуру MATLAB®, такой, как возвращено getpdb или pdbread.

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла. Файл, на который ссылаются, является PDB-отформатированным файлом. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке MATLAB.

TransfСтруктура MATLAB, представляющая линейное преобразование, которое применяется к координатам молекулы, представленной PDB. Transf содержит следующие поля:
  • T — Ортогональное вращение и отражательный компонент.

  • b — Компонент шкалы.

  • c — Компонент перевода.

Совет

Можно использовать Transf структура, возвращенная pdbsuperpose функционируйте как вход.

ModelNumValue

Положительное целое число, которое задает модель, к которой можно применить преобразование, когда PDB содержит многоуровневые модели. По умолчанию первая модель рассматривается.

SegmentValue

Задает степень, к которой применяется линейное преобразование. SegmentValue может быть также:

  • 'all' — Преобразование применяется к целому входу PDB.

  • Вектор символов или строка, задающая контуры и цепь, чтобы рассмотреть. Это использует любой из следующих форматов: 'start-stop:chain' или 'chain'. Исключение контуров указывает на целую цепь.

Выходные аргументы

PDBTX Преобразованная PDB-отформатированная структура MATLAB.

Описание

pdbtransform(PDB, Transf) применяет линейное преобразование, заданное в Transf, структура MATLAB, представляющая линейное преобразование, к координатам молекулы, представлена PDB, который может быть любым следующим:

  • Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для структуры белка, записывают в базе данных PDB.

  • Переменная, содержащая PDB-отформатированную структуру MATLAB, такой, как возвращено getpdb или pdbread.

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла. Файл, на который ссылаются, является PDB-отформатированным файлом. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке MATLAB.

PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf) возвращает PDBTX, преобразованная PDB-отформатированная структура MATLAB.

... = pdbtransform (... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы pdbtransform с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = pdbtransform(..., 'ModelNum', ModelNumValue, ...) задает модель, к которой можно применить преобразование, когда PDB содержит многоуровневые модели. ModelNumValue положительное целое число. По умолчанию первая модель рассматривается.

... = pdbtransform(..., 'Segment', SegmentValue, ...) задает степень, к которой применяется линейное преобразование. SegmentValue может быть также:

  • 'all' — Преобразование применяется к целому входу PDB.

  • Вектор символов или строка, задающая контуры и цепь, чтобы рассмотреть. Это использует любой из следующих форматов: 'start-stop:chain' или 'chain'. Исключение контуров указывает на целую цепь.

Примеры

  1. Создайте структуру MATLAB, которая задает линейное преобразование.

    transf.T = eye(3);  transf.b = 1;  transf.c = [11.8 -2.8 -32.3];
  2. Примените линейное преобразование к цепи B в thioredoxin структуре с идентификатором PDB 2trx.

    pdbtx = pdbtransform('2trx', transf, 'segment', 'B');

Смотрите также

| | | |

Представленный в R2008b
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте