seqinsertgaps

Вставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот

Синтаксис

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, Positions)
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq)
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq, Relationship)

Входные параметры

Seq Любое из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая нуклеотид или последовательность аминокислот

  • Структура MATLAB®, содержащая Sequence поле

PositionsВектор из целых чисел, чтобы задать положения в Seq перед которым можно вставить разрыв.
GappedSeq Любое из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая нуклеотид или последовательность аминокислот

  • Структура MATLAB, содержащая Sequence поле

RelationshipЦелое число, задающее отношение между Seq и GappedSeq. Выбор:

  • 1 — Обе последовательности используют тот же алфавит, который является, оба последовательности нуклеотида, или оба - последовательности аминокислот.

  • 3 — Seq содержит нуклеотиды, представляющие кодоны и GappedSeq содержит аминокислоты (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

NewSeqПоследовательность с разрывами, вставленными, представленными вектором символов, задающим нуклеотид или последовательность аминокислот.

Описание

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, Positions) вставляет разрывы в последовательность Seq прежде чем положения заданы целыми числами в векторном Positions.

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq) находит положения разрыва в последовательности GappedSeq, затем вставляет разрывы в соответствующие положения в последовательности Seq.

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq, Relationship) задает отношение между Seq и GappedSeq. Введите 1 для Relationship когда обе последовательности используют тот же алфавит, который является, оба последовательности нуклеотида, или оба - последовательности аминокислот. Введите 3 для Relationship когда Seq содержит нуклеотиды, представляющие кодоны и GappedSeq содержит аминокислоты. Значением по умолчанию является 3.

Примеры

  1. Получите две последовательности нуклеотида из базы данных GenBank® для нейраминидазы (NA) белок двух деформаций Гриппа вирус (H5N1).

     hk01 = getgenbank('AF509094');
 vt04 = getgenbank('DQ094287');

  2. Извлеките область кодирования из двух последовательностей нуклеотида.

    hk01_cds = featureparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true);
vt04_cds = featureparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);

  3. Выровняйте последовательности аминокислот, преобразованные от последовательностей нуклеотида.

     [sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);

  4. Используйте seqinsertgaps функционируйте, чтобы скопировать разрывы от выровненных последовательностей аминокислот до их соответствующих последовательностей нуклеотида, таким образом выравнивание кодона их.

     hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:))
 vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))

  5. Если у вас есть код, выровнял эти две последовательности, можно использовать их в качестве входа к другим функциям такой как dnds, который вычисляет синонимичные и несинонимичные уровни замен выровненных кодоном последовательностей нуклеотида. Установкой Verbose к true, можно также отобразить кодоны, рассмотренные в расчетах и их переводах аминокислоты.

    [dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)

Смотрите также

| | | |

Представленный в R2007a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте