Оцените синонимичные и несинонимичные уровни замены
[
Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
)
[Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue
, ...)
[Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'Method', MethodValue
, ...)
[Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'Window', WindowValue
, ...)
[Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'AdjustStops', AdjustStopsValue
, ...)
[Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'Verbose', VerboseValue
, ...)
SeqNT1 , SeqNT2 | Последовательности нуклеотида. Введите вектор символов, строку или структуру с полем Sequence . |
GeneticCodeValue | Свойство задать генетический код. Введите Номер кода, вектор символов или строку с Кодовым названием из таблицы Genetic Code. Если вы используете Кодовое название, можно обрезать его до первых двух символов. Значением по умолчанию является 1 или Standard . |
MethodValue | Вектор символов или строка, задающая метод для вычисления уровней замены. Выбор:
|
WindowValue | Целое число, задающее размер раздвижного окна, в кодонах, для вычисления уровней замены и отклонений. |
AdjustStopsValue | Средства управления, исключены ли кодоны остановки из вычислений. Выбором является true (значение по умолчанию) или false . |
VerboseValue | Свойство управлять отображением кодонов, рассмотренных в расчетах и их переводах аминокислоты. Выбором является true или false (значение по умолчанию).Совет Задайте |
Dn | Несинонимичный уровень (уровни) замены. |
Ds | Синонимичный уровень (уровни) замены. |
Vardn | Отклонение для несинонимичного уровня (уровней) замены. |
Vards | Отклонение для синонимичного уровня (уровней) замен. |
[
оценивает синонимичные и несинонимичные уровни замены на сайт между двумя гомологичными последовательностями нуклеотида, Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
)SeqNT1
и SeqNT2
, путем сравнения кодонов с помощью метода Nei-Gojobori.
dnds
возвращается:
Dn
— Несинонимичный уровень (уровни) замены.
Ds
— Синонимичный уровень (уровни) замены.
Vardn
— Отклонение для несинонимичного уровня (уровней) замены.
Vards
— Отклонение для синонимичного уровня (уровней) замен.
Этот анализ:
Принимает что последовательности нуклеотида, SeqNT1
и SeqNT2
, выравниваются кодоном, то есть, не имейте сдвигов системы координат
Совет
Если ваши последовательности не выравниваются кодоном, используйте nt2aa
функция, чтобы преобразовать их в последовательности аминокислот, используйте nwalign
функционируйте, чтобы глобально выровнять их, затем использовать seqinsertgaps
функция, чтобы восстановить соответствующие выровненные кодоном последовательности нуклеотида. Для примера смотрите Оценку синонимичные и несинонимичные уровни замены между двумя последовательностями нуклеотида.
Исключает кодоны, которые включают неоднозначные символы нуклеотида или разрывы
Рассматривает количество кодонов в короче двух последовательностей нуклеотида
Внимание
Если SeqNT1
и SeqNT2
являются слишком короткими или слишком расходящимися, насыщение может быть достигнуто, и dnds
возвращает NaN
s и предупреждающее сообщение.
[
вызовы Dn, Ds, Vardn, Vards
] = dnds (SeqNT1
, SeqNT2
PropertyName
', PropertyValue
, ...)dnds
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
[
вычисляет синонимичные и несинонимичные уровни замены с помощью заданного генетического кода. Введите Номер кода, вектор символов или строку с Кодовым названием из таблицы Genetic Code. Если вы используете Кодовое название, можно обрезать его до первых двух символов. Значением по умолчанию является Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue
, ...)1
или Standard
.
[
позволяет вам вычислять синонимичные и несинонимичные уровни замены с помощью следующих алгоритмов:Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'Method', MethodValue
, ...)
NG
(значение по умолчанию) — Метод Nei-Gojobori (1986) использование количество синонимичных и несинонимичных замен и количество потенциально синонимичных и несинонимичных сайтов. На основе модели Jukes-Cantor.
LWL
— Метод Ли-У-Ло (1985) использование количество переходных и transversional замен на трех разных уровнях степени вырождения генетического кода. На основе модели 2D параметра Кимуры.
PBL
— Метод Pamilo-Bianchi-Li (1993) похож на метод Ли-У-Ло, но с коррекцией смещения. Используйте этот метод, когда количество переходов будет намного больше, чем количество трансверсий.
[
выполняет вычисления по раздвижному окну, заданному в кодонах. Каждый выход является массивом, содержащим уровень или отклонение для каждого окна.Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'Window', WindowValue
, ...)
[
средства управления, исключены ли кодоны остановки из вычислений. Выбором является Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'AdjustStops', AdjustStopsValue
, ...)true
(значение по умолчанию) или false
.
Совет
Когда 'AdjustStops'
свойство установлено в true
, следующее верно:
Остановитесь кодоны исключены из таблиц частот.
Пути, содержащие кодоны остановки, не считаются в методе Nei-Gojobori.
[
управляет отображением кодонов, рассмотренных в расчетах и их переводах аминокислоты. Выбором является Dn, Ds, Vardn, Vards
]
= dnds(SeqNT1
, SeqNT2
,
...'Verbose', VerboseValue
, ...)true
или false
(значение по умолчанию).
Совет
Задайте true
использовать это отображение, чтобы вручную проверить выравнивание кодона двух входных последовательностей, SeqNT1
и SeqNT2
. Присутствие кодонов остановки (*
) в аминокислоте перевод может указать на тот SeqNT1
и SeqNT2
не выравниваются кодоном.
[1] Литий, W., Ву, C. и Ло, C. (1985). Новый метод для оценки синонимичных и несинонимичных уровней замены нуклеотида, рассматривая относительную вероятность нуклеотида и изменений кодона. Молекулярная биология и Эволюция 2 (2), 150–174.
[2] Nei, M. и Gojobori, T. (1986). Простые методы для оценки количеств синонимичных и несинонимичных замен нуклеотида. Молекулярная биология и Эволюция 3 (5), 418–426.
[3] Nei, M. и Чжин, L. (1989). Отклонения средних количеств замен нуклеотида в и между популяциями. Молекулярная биология и Эволюция 6 (3), 290–300.
[4] Nei, M. и Кумар, S. (2000). Синонимичные и несинонимичные замены нуклеотида” в Молекулярной Эволюции и Филогенетике (издательство Оксфордского университета).
[5] Pamilo, P. и Бьянки, N. (1993). Эволюция Zfx И генов Zfy: уровни и взаимозависимость между генами. Молекулярная биология и Эволюция 10 (2), 271–281.