Проанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL
FeatStruct = featureparse(Features)
FeatStruct =
featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue,
...)
FeatStruct = featureparse(Features,
...'Sequence', SequenceValue, ...)
Features | Любое следующее:
|
FeatureValue | Имя функции содержится в Features. Когда задано, featureparse возвращает только подструктуру, которая соответствует этой функции. Если существует несколько функций с тем же FeatureValue, затем FeatStruct массив структур. |
SequenceValue | Свойство управлять экстракцией, если это возможно, последовательностей, соответствующих к каждой функции, присоединяясь и дополняя части исходной последовательности и храня их в Sequence поле возвращенной структуры, FeatStruct. При извлечении последовательности из неполной функции CDS, featureparse использует codon_start спецификатор, чтобы настроить систему координат последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
FeatStruct | Структура output, содержащая поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct совпадает с соответствующим именем функции в GenBank, GenPept или базе данных EMBL, за исключениями, перечисленными в таблице ниже. Поля в FeatStruct содержите подструктуры со спецификаторами функции как поля. В GenBank, GenPept и базах данных EMBL, для каждой функции, единственный обязательный спецификатор является своим местоположением, который featureparse переводит в поле Location. Когда возможно, featureparse также переводит это местоположение в числовые индексы, создавая Indices поле .Примечание Если вы используете |
FeatStruct = featureparse(Features)Features, который содержит GenBank, GenPept или функции EMBL. Features может быть a:
Вектор символов или строка, содержащая GenBank, GenPept или функции EMBL
Символьный массив MATLAB включая текстовое описание GenBank, GenPept или функции EMBL
Структура MATLAB с полевым соответствием GenBank, GenPept или данным EMBL, таким как возвращенные genbankread, genpeptread, emblread, getgenbank, getgenpept, или getembl
FeatStruct структура output, содержащая поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct совпадает с соответствующим именем функции в GenBank, GenPept или базе данных EMBL, за следующими исключениями.
| Покажите имя в GenBank, GenPept или базе данных EMBL | Имя поля в структуре MATLAB |
|---|---|
-10_signal | minus_10_signal |
-35_signal | minus_35_signal |
3'UTR | three_prime_UTR |
3'clip | three_prime_clip |
5'UTR | five_prime_UTR |
5'clip | five_prime_clip |
D-loop | D_loop |
Поля в FeatStruct содержите подструктуры со спецификаторами функции как поля. В GenBank, GenPept и базах данных EMBL, для каждой функции, единственный обязательный спецификатор является своим местоположением, который featureparse переводит в поле Location. Когда возможно, featureparse также переводит это местоположение в числовые индексы, создавая Indices поле .
Примечание
Если вы используете Indices поле, чтобы извлечь информацию о последовательности, вы, возможно, должны дополнить последовательности.
FeatStruct = featureparse (FeaturesPropertyName ', PropertyValue, ...)featureparse с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
возвращает только подструктуру, которая соответствует FeatStruct =
featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue,
...)FeatureValue, имя функции содержится в Features. Если существует несколько функций с тем же FeatureValue, затем FeatStruct массив структур.
FeatStruct = featureparse(Features,
...'Sequence', SequenceValue, ...)Sequence. При извлечении последовательности из неполной функции CDS, featureparse использует codon_start спецификатор, чтобы настроить систему координат последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Следующий пример получает все функции, сохраненные в файле GenBank nm175642.txt:
gbkStruct = genbankread('nm175642.txt');
features = featureparse(gbkStruct)
features =
source: [1x1 struct]
gene: [1x1 struct]
CDS: [1x1 struct]Следующий пример получает только последовательности кодирования (CDS) функция Синорхэбдити elegans космидная запись (инвентарный номер Z92777) от базы данных GenBank:
worm = getgenbank('Z92777');
CDS = featureparse(worm,'feature','cds')
CDS =
1x12 struct array with fields:
Location
Indices
locus_tag
standard_name
note
codon_start
product
protein_id
db_xref
translation
Получите две последовательности нуклеотида из базы данных GenBank для нейраминидазы (NA) белок двух деформаций Гриппа вирус (H5N1).
hk01 = getgenbank('AF509094');
vt04 = getgenbank('DQ094287');
Извлеките последовательность области кодирования для нейраминидазы (NA) белок от двух последовательностей нуклеотида. Последовательности областей кодирования хранятся в Sequence поля возвращенных структур, hk01_cds и vt04_cds.
hk01_cds = featureparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true); vt04_cds = featureparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);
Если вы извлекли последовательности нуклеотида, можно использовать nt2aa и nwalign функции, чтобы выровнять последовательности аминокислот, преобразованные от последовательностей нуклеотида.
[sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);
Затем можно использовать seqinsertgaps функционируйте, чтобы скопировать разрывы от выровненных последовательностей аминокислот до их соответствующих последовательностей нуклеотида, таким образом выравнивание кодона их.
hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:)) vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))
Если у вас есть код, выровнял эти две последовательности, можно использовать их в качестве входа к другим функциям такой как dnds, который вычисляет синонимичные и несинонимичные уровни замен выровненных кодоном последовательностей нуклеотида. Установкой Verbose к true, можно также отобразить кодоны, рассмотренные в расчетах и их переводах аминокислоты.
[dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)
emblread | genbankread | genpeptread | getgenbank | getgenpept