seqwordcount

Считайте количество случаев слова в последовательности

Синтаксис

seqwordcount(Seq, Word)

Аргументы

Seq

Вектор символов или строка, содержащая нуклеотид или последовательность аминокислот. Можно также ввести структуру с полем Sequence.

Word

Введите короткую последовательность символов.

Описание

seqwordcount(Seq, Word) считает число раз, что слово появляется в последовательности, и затем возвращает количество случаев того слова.

Если Word содержит нуклеотид или символы аминокислоты, которые представляют несколько возможных символов (неоднозначные символы), затем seqwordcount количества все соответствия. Например, символ R представляет любой G или A (пурины). Для другого примера, если word равняется 'ART', затем seqwordcount случаи количеств обоих 'AAT' and 'AGT'.

Примеры

seqwordcount не считает перекрывающиеся шаблоны многократно. В следующем примере, seqwordcount отчеты три соответствия. TATATATA считается как два отличных соответствия, не три перекрывающихся случаев.

seqwordcount('GCTATAACGTATATATAT','TATA')

ans =
     3

Следующий пример сообщает о двух соответствиях ('TAGT' и 'TAAT'B неоднозначный код для GT, или C, в то время как R неоднозначный код для G и A.

seqwordcount('GCTAGTAACGTATATATAAT','BART')

ans =
     2

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте