Считайте количество случаев слова в последовательности
seqwordcount(
Seq
, Word
)
Seq | Вектор символов или строка, содержащая нуклеотид или последовательность аминокислот. Можно также ввести структуру с полем |
Word | Введите короткую последовательность символов. |
seqwordcount(
считает число раз, что слово появляется в последовательности, и затем возвращает количество случаев того слова.Seq
, Word
)
Если Word
содержит нуклеотид или символы аминокислоты, которые представляют несколько возможных символов (неоднозначные символы), затем seqwordcount
количества все соответствия. Например, символ R
представляет любой G
или A
(пурины). Для другого примера, если word
равняется 'ART'
, затем seqwordcount
случаи количеств обоих 'AAT'
and 'AGT'
.
seqwordcount
не считает перекрывающиеся шаблоны многократно. В следующем примере, seqwordcount
отчеты три соответствия. TATATATA
считается как два отличных соответствия, не три перекрывающихся случаев.
seqwordcount('GCTATAACGTATATATAT','TATA') ans = 3
Следующий пример сообщает о двух соответствиях ('TAGT'
и 'TAAT'
B
неоднозначный код для G
T
, или C
, в то время как R
неоднозначный код для G
и A
.
seqwordcount('GCTAGTAACGTATATATAAT','BART') ans = 2
codoncount
| seq2regexp
| seqshoworfs
| seqviewer
| strfind