Считайте кодоны в последовательности нуклеотида
Codons
= codoncount(SeqNT
)
[Codons, CodonArray
] =
codoncount(SeqNT
)
... = codoncount(SeqNT
,
...'Frame', FrameValue
, ...)
... = codoncount(SeqNT
,
...'Reverse', ReverseValue
, ...)
... = codoncount(SeqNT
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)
... = codoncount(SeqNT
,
...'Figure', FigureValue
, ...)
... = codoncount(SeqNT
,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue
, ...)
SeqNT | Одно из следующего:
Примеры: |
FrameValue | Целое число, задающее рамку считывания в последовательности нуклеотида. Выбором является |
ReverseValue | Средства управления возврат кодона значат противоположную дополнительную последовательность последовательности нуклеотида, заданной |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать кодоны, содержащие неоднозначные символы нуклеотида (
|
FigureValue | Управляет отображением карты тепла количеств кодона. Выбором является |
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является Совет Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени. |
Codons | Структура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA , AAC , AAG ..., TTG , TTT ), которые содержат количества кодона в SeqNT . |
CodonArray | 4 массивом 4 на 4, содержащим необработанные данные о количестве для каждого кодона. Три измерения соответствуют этим трем положениям в кодоне, и индексы к каждому элементу представлены 1 = A , 2 = C , 3 = G , и 4 = T . Например, элемент (2,3,4) в массиве содержит количество CGT кодоны. |
считает кодоны в Codons
= codoncount(SeqNT
)SeqNT
, последовательность нуклеотида, и возвращает количества кодона в Codons
, структура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA
, AAC
, AAG
..., TTG
, TTT
).
Для последовательностей, которые имеют кодоны, содержащие символьный U
, эти кодоны добавляются к соответствующим кодонам, содержащим T
.
Если последовательность содержит разрывы, обозначенные дефисом (-
), затем кодоны, содержащие разрывы, проигнорированы.
Если последовательность содержит нераспознанные символы, то кодоны, содержащие эти символы, проигнорированы, и следующее предупреждающее сообщение появляется:
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
[
возвращает Codons, CodonArray
] =
codoncount(SeqNT
)CodonArray
, 4 массивом 4 на 4, содержащим необработанные данные о количестве для каждого кодона. Три измерения соответствуют этим трем положениям в кодоне, и индексы к каждому элементу представлены 1 = A
, 2 = C
, 3 = G
, и 4 = T
. Например, элемент (2,3,4)
в массиве содержит количество CGT
кодоны.
... = codoncount (
вызовы SeqNT
PropertyName
', PropertyValue
, ...)codoncount
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = codoncount(
считает кодоны в рамке считывания заданными SeqNT
,
...'Frame', FrameValue
, ...)FrameValue
, который может быть 1
(значение по умолчанию), 2
, или 3
.
... = codoncount(
средства управления возврат кодона значат противоположную дополнительную последовательность SeqNT
,
...'Reverse', ReverseValue
, ...)SeqNT
. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
... = codoncount(
задает, как обработать кодоны, содержащие неоднозначные символы нуклеотида. Выбор:SeqNT
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)
'ignore'
(значение по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'warn'
... = codoncount(
управляет отображением карты тепла количеств кодона. Выбором является SeqNT
,
...'Figure', FigureValue
, ...)true
или false
(значение по умолчанию).
... = codoncount(
управляет наложением сетки на фигуре карты тепла. Сетка группирует синонимичные кодоны согласно SeqNT
,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue
, ...)GeneticCodeValue
.
aacount
| basecount
| baselookup
| codonbias
| dimercount
| nmercount
| ntdensity
| seqcomplement
| seqrcomplement
| seqreverse
| seqwordcount