seqshoworfs

Отобразите открытые рамки считывания в последовательности

Синтаксис

seqshoworfs(SeqNT) seqshoworfs(SeqNT, ...'Frames', FramesValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...)

Аргументы

`SeqNT`	Последовательность нуклеотида. Введите или вектор символов или строку с `AT` `UGC`, и неоднозначные символы `RYKMSWBDHVN`, или вектор из целых чисел. Можно также ввести структуру с полем `Sequence`.
`FramesValue`	Свойство выбрать систему координат. Введите `1`, 2, 3, -1, -2, -3, введите вектор с целыми числами или `'all'`. Значением по умолчанию является векторный `[1 2 3]`. Системы координат `-1`, -2, и `-3` соответствуйте первым, вторым, и третьим рамкам считывания для противоположного дополнения.
`GeneticCodeValue`	Имя генетического кода. Введите номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code.
`MinimumLengthValue`	Свойство определить минимальный номер кодонов в ORF.
`AlternativeStartCodonsValue`	Свойство управлять использующими альтернативными кодонами запуска. Введите любой `true` или `false`. Значением по умолчанию является `false`.
`ColorValue`	Цвет, чтобы подсветить рамку считывания. Задайте одно из следующего: Трехэлементный числовой вектор из значений RGB Вектор символов или строка, содержащая предопределенный однобуквенный цветовой код Вектор символов или строка, содержащая предопределенное название цвета Например, чтобы использовать голубой, введите `[0 1 1]C`, или `'cyan'`. Для получения дополнительной информации об определении цветов смотрите Параметры цвета. Чтобы задать различные цвета для этих трех рамок считывания, используйте `1`- `3` массив ячеек значений цвета. Если вы отображаете противоположные дополнительные рамки считывания, то используйте `1`- `6` массив ячеек значений цвета. Схема цвета по умолчанию является синей для системы координат первого чтения, красной для второго, и зеленая для третьего.
`ColumnsValue`	Свойство задать количество столбцов в выходе.

Генетический код

Номер кода	Кодовое название
1	`Standard`
2	`Vertebrate Mitochondrial`
3	`Yeast Mitochondrial`
4	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
5	`Invertebrate Mitochondrial`
6	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
9	`Echinoderm Mitochondrial`
10	`Euplotid Nuclear`
11	`Bacterial` и `Plant Plastid`
12	`Alternative Yeast Nuclear`
13	`Ascidian Mitochondrial`
14	`Flatworm Mitochondrial`
15	`Blepharisma Nuclear`
16	`Chlorophycean Mitochondrial`
21	`Trematode Mitochondrial`
22	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
23	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Описание

seqshoworfs идентифицирует и подсвечивает все открытые рамки считывания с помощью стандарта или альтернативного генетического кода.

seqshoworfs(SeqNT) отображает последовательность со всеми открытыми рамками считывания, подсвеченными, и она возвращает структуру запуска и положений остановки для каждого ORF в каждой рамке считывания. Стандартный генетический код используется с кодоном запуска 'AUG' и остановите кодоны 'UAA', 'UAG', и 'UGA'.

seqshoworfs (SeqNTPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы seqshoworfs с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

seqshoworfs(SeqNT, ...'Frames', FramesValue, ...) задает рамки считывания, чтобы отобразиться. Значение по умолчанию должно отобразить первые, вторые, и третьи рамки считывания с ORFs, подсвеченным в каждой системе координат.

seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) задает генетический код, чтобы использовать для нахождения открытых рамок считывания.

seqshoworfs(SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...) определяет минимальный номер кодонов для ORF, который будет рассмотрен допустимым. Значением по умолчанию является 10.

seqshoworfs(SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) использует альтернативные кодоны запуска если AlternativeStartCodons установлен в true. Например, в человеческом митохондриальном генетическом коде, AUA и AUU как известно, альтернативные кодоны запуска. Для получения дополнительной информации об альтернативных кодонах запуска смотрите

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1

seqshoworfs(SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...) указывает, что цвет раньше подсвечивал открытые рамки считывания в выходном отображении. Схема цвета по умолчанию является синей для системы координат первого чтения, красной для второго, и зеленая для третьего.

seqshoworfs(SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...) задает сколько столбцов на строку, чтобы использовать в выходе. Значением по умолчанию является 64.

Примеры

Отобразите открытые рамки считывания в случайной последовательности нуклеотида.

s = randseq(200, 'alphabet', 'dna');
seqshoworfs(s);

Отобразите открытые рамки считывания в последовательности GenBank^®.

HLA_DQB1 = getgenbank('NM_002123');
seqshoworfs(HLA_DQB1.Sequence);

Больше о

свернуть все

Параметры цвета

Следующие списки предопределенные цвета и их эквиваленты триплета RGB. Краткие названия и длинные имена являются векторами символов, которые задают один из восьми предварительно установленных цветов. Триплет RGB является трехэлементным вектором-строкой, элементы которого задают интенсивность красных, зеленых, и синих компонентов цвета; интенсивность должна быть в области значений [0 1].

Триплет RGB	Краткое название	Длинное имя
[1 1 0]	`y`	`yellow`
[1 0 1]	`m`	`magenta`
[0 1 1]	`c`	`cyan`
[1 0 0]	`r`	`red`
[0 1 0]	`g`	`green`
[0 0 1]	`b`	`blue`
[1 1 1]	`w`	`white`
[0 0 0]	`k`	`black`

Представлено до R2006a

Документация