bigimageshow
Отобразите 2D blockedImage объект
Описание
bigimageshow данные об отображениях объекта из blockedImage объект. bigimageshow возразите прогрессивно загружает данные изображения на основе степеней изображений и разрешения экрана.
Создание
Синтаксис
Описание
bigimageshow( отображает 2D блокированное изображение bim)bim.
Для категориальных данных, bigimageshow устанавливает палитру оси на parula. Для числовых данных, gray палитра по умолчанию.
b = bigimageshow(___) возвращает bigimageshow объект b. Используйте b изменить настройки отображения после того, как вы отображаете блокированное изображение.
b = bigimageshow(___,Name,Value)
Например, bigimageshow(bim,'GridVisible','on','GridLineStyle',':') отображает блокированное изображение, bim, и оверлейные программы отметили точкой линии сетки.
Входные параметры
Свойства
Parent — Родительские оси bigimageshow объект
gca (значение по умолчанию) | axes объект
Родительские оси bigimageshow объект в виде axes объект. Если вы не задаете родительский элемент, bigimageshow использует указатель на текущую фигуру, gca. Если фигура не существует, bigimageshow создает новую фигуру.
CData — 2D blockedImage возразите, чтобы отобразиться
blockedImage объект
2D blockedImage возразите, чтобы отобразиться в виде blockedImage объект.
CDataMapping — Цветной метод отображения данных
'direct' (значение по умолчанию) | 'scaled'
Цветной метод отображения данных в виде 'direct' или 'scaled'. Используйте это свойство управлять отображением цветных значений данных в CData в палитру. CData должен быть вектор или матрица, задающая индексированные цвета. Это свойство не оказывает влияния если CData трехмерный массив, задающий цвета RGB.
Методы оказывают эти влияния:
'direct'— Интерпретируйте значения как индексы в текущую палитру. Значения с десятичным фрагментом фиксируются до самого близкого более низкого целого числа.Если значения имеют тип
doubleилиsingle, значения1или меньше карты к первому раскрашивает палитру. Значения, равные или больше, чем длина палитры, сопоставляют с последним цветом в палитре.Если значения имеют тип
uint8uint16uint32uint64int8int16int32, илиint64, значения0или меньше карты к первому раскрашивает палитру. Значения, равные или больше, чем длина палитры, сопоставляют с последним цветом в палитре (или до пределов области значений типа).Если значения имеют тип
logical, значения0карта к первому раскрашивает палитру и значения1сопоставьте со вторым цветом в палитре.
'scaled'— Масштабируйте значения, чтобы расположиться между минимальными и максимальными цветными пределами.CLimсвойство осей содержит цветные пределы.
AlphaData — Данные о прозрачности
1 blockedImage объект
Данные о прозрачности, заданные в одной из следующих форм:
Числовой скаляр — Использование сопоставимая прозрачность через целое изображение.
2D
blockedImageобъект — данные о Прозрачности должны иметь ту же степень строк и столбцов какCData2DblockedImageобъект. Блокированное изображение может иметь несколько уровней разрешения, в этом случае,bigimageshowвыбирает уровень, самый близкий к текущемуResolutionLevelдля отображения.
AlphaDataMapping свойство управляет, как MATLAB® интерпретирует альфа-значения прозрачности данных.
Пример: 0.5
Типы данных: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical
AlphaDataMapping — Интерпретация AlphaData значения
'none' (значение по умолчанию) | 'scaled' | 'direct'
Интерпретация AlphaData значения в виде одного из этих значений:
'none'— Интерпретируйте значения как значения прозрачности. Значение 1 или больше абсолютно непрозрачно, значение 0 или меньше абсолютно прозрачно, и значение между 0 и 1 является полупрозрачным.'scaled'— Сопоставьте значения в alphamap фигуры. Минимальные и максимальные альфа-пределы осей определяют альфа-значения данных, которые сопоставляют с первыми и последними элементами в alphamap, соответственно. Например, если альфа-пределами является[3 5], альфа-значения данных, меньше чем или равные3сопоставьте с первым элементом в alphamap. Альфа-значения данных, больше, чем или равный5сопоставьте с последним элементом в alphamap.ALimсвойство осей содержит альфа-пределы.Alphamapсвойство фигуры содержит alphamap.'direct'— Интерпретируйте значения как индексы в alphamap фигуры. Значения с десятичным фрагментом фиксируются до самого близкого более низкого целого числа:Если значения имеют тип
doubleилиsingle, значения 1 или менее карт к первому элементу в alphamap. Значения, равные или больше, чем длина alphamap, сопоставляют с последним элементом в alphamap.Если значения имеют целое число типа, то значения 0 или меньше карт к первому элементу в alphamap. Значения, равные или больше, чем длина alphamap, сопоставляют с последним элементом в alphamap (или до пределов области значений типа). Целочисленными типами является
uint8uint16uint32uint64int8int16int32, иint64.Если значения имеют тип
logical, значения0сопоставьте с первым элементом в alphamap и значениях1сопоставьте со вторым элементом в alphamap.
ResolutionLevel — Уровень разрешения
положительное целое число | 'fine' | 'coarse'
Уровень разрешения 2D blockedImage возразите, чтобы отобразиться в виде положительного целого числа, которое идентифицирует уровень разрешения 2D blockedImage объект в свойстве CData. Уровень разрешения может также быть задан как 'fine' или 'coarse' соответствие этим двум пределам. Значение по умолчанию вычисляется на основе доступного экранного пробела и разрешения.
ResolutionLevelMode — Режим выбора для уровня разрешения
'auto' (значение по умолчанию) | 'manual'
Режим выбора для уровня разрешения в виде одного из этих значений:
'auto'— Автоматически выберите уровень разрешения на основе родительских осей и доступного размера экрана.'manual'— Вручную задайте уровень разрешения путем установкиResolutionLevelсвойство.
GridVisible — Видимость сетки
'off' (значение по умолчанию) | 'on'
Видимость сетки в виде 'off' или 'on'. bigimageshow располагает сетку с интервалами в мировых единицах измерения, чтобы включать столько же пикселей, сколько задано CData.BlockSize в текущем GridResolutionLevel.
GridLevel — Уровень разрешения блокированного изображения, в котором можно показать сетку
положительное целое число | 'fine' | 'coarse'
Уровень разрешения блокированного изображения, в котором можно показать сетку в виде одного из этих значений:
положительное целое число — Отображение сетка, заданная в виде числа, которое идентифицирует уровень разрешения 2D
blockedImageобъект в свойстве CData. Значение между 1 и значениеNumLevelsсвойство блокированного изображения вbigimageshowCDataсвойство.'fine'— Отобразите сетку на самом прекрасном уровне разрешения.'coarse'— Отобразите сетку на самом грубом уровне разрешения.
По умолчанию, GridLevel имеет то же значение как ResolutionLevel свойство.
GridLevelMode — Режим выбора для уровня сети
'auto' (значение по умолчанию) | 'manual'
Режим выбора для уровня сети в виде одного из этих значений:
'auto'— Выберите уровень разрешения сетки, чтобы совпадать с уровнем разрешения данных изображенияResolutionLevel.'manual'— Вручную задайте уровень разрешения сетки путем установкиGridLevelсвойство.
GridColor — Цвет линий сетки
'blue' (значение по умолчанию) | триплет RGB | шестнадцатеричный цветовой код | название цвета | короткое название цвета
Цвет линий сетки в виде триплета RGB, шестнадцатеричного цветового кода, названия цвета или короткого названия цвета. Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
Для пользовательского цвета задайте триплет RGB или шестнадцатеричный цветовой код.
Триплет RGB представляет собой трехэлементный вектор-строку, элементы которого определяют интенсивность красных, зеленых и синих компонентов цвета. Интенсивность должна быть в области значений
[0,1]; например,[0.4 0.6 0.7].Шестнадцатеричный цветовой код является вектором символов или строковым скаляром, который запускается с символа хеша (
#) сопровождаемый тремя или шестью шестнадцатеричными цифрами, которые могут лежать в диапазоне от0кF. Значения не являются чувствительными к регистру. Таким образом, цветовые коды'#FF8800','#ff8800','#F80', и'#f80'эквивалентны.
Кроме того, вы можете задать имена некоторых простых цветов. Эта таблица приводит опции именованного цвета, эквивалентные триплеты RGB и шестнадцатеричные цветовые коды.
| Название цвета | Краткое название | Триплет RGB | Шестнадцатеричный цветовой код | Внешний вид |
|---|---|---|---|---|
'red' | 'r' | [1 0 0] | '#FF0000' |
|
'green' | 'g' | [0 1 0] | '#00FF00' |
|
'blue' | 'b' | [0 0 1] | '#0000FF' |
|
'cyan' | 'c' | [0 1 1] | '#00FFFF' |
|
'magenta' | 'm' | [1 0 1] | '#FF00FF' |
|
'yellow' | 'y' | [1 1 0] | '#FFFF00' |
|
'black' | 'k' | [0 0 0] | '#000000' |
|
'white' | 'w' | [1 1 1] | '#FFFFFF' |
|
Вот являются триплеты RGB и шестнадцатеричные цветовые коды для цветов по умолчанию использованием MATLAB во многих типах графиков.
| Триплет RGB | Шестнадцатеричный цветовой код | Внешний вид |
|---|---|---|
[0 0.4470 0.7410] | '#0072BD' |
|
[0.8500 0.3250 0.0980] | '#D95319' |
|
[0.9290 0.6940 0.1250] | '#EDB120' |
|
[0.4940 0.1840 0.5560] | '#7E2F8E' |
|
[0.4660 0.6740 0.1880] | '#77AC30' |
|
[0.3010 0.7450 0.9330] | '#4DBEEE' |
|
[0.6350 0.0780 0.1840] | '#A2142F' |
|
Пример: b.GridColor = [1 0 0]
Пример: b.GridColor = 'r'
Пример: b.GridColor = 'red'
Пример: b.GridColor = '#FF0000'
GridAlpha — Прозрачность линии сетки
0.8 [0,1]
Прозрачность линии сетки в виде значения в области значений [0, 1]. Значение 1 означает абсолютно непрозрачный и значение 0 абсолютно прозрачные средние значения. Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
Пример: b.GridAlpha = 0.5
GridLineWidth — Ширина линии сетки
1
Ширина линии сетки в виде положительного числового значения, измеренного в точках. Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
GridLineStyle — Стиль линии сетки
'-' (значение по умолчанию) | '--' | ':' | '-.'
Стиль линии сетки в виде одного из стилей линии в этой таблице.
| Стиль линии | Описание | Получившаяся линия |
|---|---|---|
'-' | Сплошная линия |
|
'--' | Пунктирная линия |
|
':' | Пунктирная линия |
|
'-.' | Штрихпунктирная линия |
|
Чтобы отобразить линии сетки, установите GridVisible свойство к 'on'.
Пример: b.GridLineStyle = '--'
Interpolation метод интерполяции
'linear' (значение по умолчанию) | 'nearest'
Метод интерполяции раньше передискретизировал пиксели в виде 'linear' для билинейной интерполяции или 'nearest' для самой близкой соседней интерполяции.
Для категориальных данных, bigimageshow поддержки только самая близкая соседняя интерполяция. Для логических данных значением по умолчанию является 'nearest'.
В системах Windows с версией программного обеспечения OpenGL единственной поддерживаемой опцией интерполяции является 'nearest'.
Visible — Управляйте видимостью изображений
'on' (значение по умолчанию) | 'off'
Управляйте видимостью изображений в виде одного из этих значений:
'on'— Отобразитеbigimageshowобъект.'off'— Скройте объект, не удаляя его. Вы по-прежнему можете получать доступ к свойствам невидимого объекта.
Функции объекта
Примеры
Визуализируйте 2D блокированное изображение на различных уровнях разрешения
Создайте блокированное изображение с помощью модифицированной версии изображения "tumor_091.tif" от набора данных CAMELYON16. Оригинальное изображение является учебным изображением лимфатического узла, содержащего ткань опухоли. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, и самый прекрасный уровень имеет разрешение 53760 61440. Модифицированное изображение имеет только три крупных уровня разрешения. Пространственная ссылка модифицированного изображения была настроена, чтобы осуществить сопоставимое соотношение сторон и указать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Отобразите блокированное изображение.
h = bigimageshow(bim);
Увеличьте масштаб области в изображении.
xlim([2100, 2600]) ylim([1800 2300])
Чтобы просмотреть изображение на различных уровнях разрешения, задайте новое значение для свойства ResolutionLevel. Пределы по осям остаются то же самое, но bigimageshow гарантирует, что изображения от других уровней правильно измерены. Когда вы устанавливаете ResolutionLevel , ResolutionLevelMode значение превращается в 'manual' автоматически.
h.ResolutionLevel = 3; pause(1); h.ResolutionLevel = 2; pause(1); h.ResolutionLevel = 1; pause(1);
Визуализируйте blockedImage с Линиями сетки, Указывающими на Блоки
Создайте блокированное изображение из демонстрационного изображения, включенного с тулбоксом.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif','BlockSize', [128 128]);
Отобразите блокированное изображение с bigimageshow, указав, что вы хотите, чтобы сетка отобразилась на самом прекрасном уровне разрешения. Также задайте цвет, ширину и прозрачность.
h = bigimageshow(bim,... 'GridVisible','on', 'GridLevel', 1,... 'GridLineWidth', 2, 'GridColor','k','GridAlpha',0.3);
Подтвердите Маску с помощью Альфа-Слоя
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Создайте крупную маску.
bmask = apply(bim, @(im)im2gray(im.Data)<120, "Level", 3);
Наложите маску как альфа-слой.
ha1 = subplot(1,2,1); h = bigimageshow(bim); h.AlphaData = bmask; h.AlphaDataMapping = 'direct'; alphamap([0.4 1]) h.Parent.Color = 'r';
Независимо визуализируйте маску.
ha2 = subplot(1,2,2); bigimageshow(bmask); linkaxes([ha1, ha2]);
Улучшите создание маски Используя InclusionThreshold и BlockSize
Создайте блокированное изображение с помощью модифицированной версии изображения "tumor_091.tif" от набора данных CAMELYON16. Оригинальное изображение является учебным изображением лимфатического узла, содержащего ткань опухоли. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, и самый прекрасный уровень имеет разрешение 53760 61440. Модифицированное изображение имеет только три крупных уровня разрешения. Пространственная ссылка модифицированного изображения была настроена, чтобы осуществить сопоставимое соотношение сторон и указать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Создайте маску с помощью самого грубого уровня разрешения блокированного изображения.
bmask = apply(bim, @(im)im2gray(im.Data)<120, "Level", 3);
Отобразите блокированное изображение с маской.
h = bigimageshow(bim); showmask(h, bmask);
Экспериментируйте с различными порогами включения и размерами блока, чтобы получить лучший припадок маски по запятнанной области. По умолчанию порог включения 0.5.
showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.2); showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0); showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.06);
Измените размер блока, чтобы получить более плотно прилегающее.
showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.06, 'BlockSize', [256 256]); showmask(h, bmask, 'InclusionThreshold', 0.14, 'BlockSize', [256 256]);
Когда вы будете удовлетворены маской, используйте ее, чтобы сегментировать лимфатический узел.
bls = selectBlockLocations(bim,'BlockSize', [256 256],... 'Mask', bmask, 'InclusionThreshold', 0.14); bregion = apply(bim, @(im)im.Data, 'BlockLocationSet', bls); figure bigimageshow(bregion);
Отобразите блокированное изображение с наложением метки
Создайте блокированное изображение с помощью модифицированной версии изображения "tumor_091.tif" от набора данных CAMELYON16. Оригинальное изображение является учебным изображением лимфатического узла, содержащего ткань опухоли. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, и самый прекрасный уровень имеет разрешение 53760 61440. Модифицированное изображение имеет только три крупных уровня разрешения. Пространственная ссылка модифицированного изображения была настроена, чтобы осуществить сопоставимое соотношение сторон и указать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Создайте изображение метки на крупном уровне.
cim = gather(bim); cgim = im2gray(cim); numClasses = 4; thresh = multithresh(cgim, numClasses-1); labels = imquantize(cgim, thresh); imagesc(labels) axis square title('Coarse label image');
Преобразуйте изображение меток назад в blockedImage, с помощью той же пространственной ссылки в качестве оригинального изображения.
blabels = blockedImage(labels,'WorldStart',bim.WorldStart(3,1:2),... 'WorldEnd', bim.WorldEnd(3,1:2));
Отобразите исходный blockedImage.
figure hB = bigimageshow(bim);
Наложите изображение меток на исходном блокированном изображении на новой оси. Используйте интерполяцию, чтобы гарантировать, что метки имеют четкие контуры и свойство AlphaData управлять прозрачностью слоя метки. Выключите видимость осей, таким образом, основное изображение показывает через. Задайте уникальные цвета для каждой метки.
hLa = axes; hL = bigimageshow(blabels, 'Parent', hLa); hL.Interpolation = 'nearest'; hL.AlphaData = 0.3; hLa.Visible = 'off'; hLa.CLim = [1 numClasses]; colormap(hLa,hsv(numClasses));
Ссылки
[1]