Покажите наложение маски в заданном пороге включения
showmask( отображает маску, b,mask)mask, как наложение на блокированном изображении, отображенном в bigimageshow объект, b. Наложение показывает блоки что blockedImage
apply возразите функциональным процессам с заданной маской. mask 2D блокированный объект изображения тот же размер как отображенное изображение. Если mask имеет несколько уровней разрешения, bigimageshow использует самый прекрасный уровень.
bigimageshow блоки отображений маски, которые превышают минимальный процент ненулевых пикселей (по умолчанию, 50%) с зеленым оттенком. Эти блоки рассматриваются необходимыми областями и были бы выбраны для обработки apply объектная функция blockedImage объект.
bigimageshow блоки отображений маски ниже минимального процента ненулевых пикселей с красным оттенком. Эти блоки рассматриваются фоном и не были бы обработаны apply объектная функция.
showmask(___, изменяет внешний вид блоков маски при помощи аргументов пары "имя-значение".Name,Value)
Создайте блокированное изображение с помощью модифицированной версии изображения "tumor_091.tif" от набора данных CAMELYON16. Оригинальное изображение является учебным изображением лимфатического узла, содержащего ткань опухоли. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, и самый прекрасный уровень имеет разрешение 53760 61440. Модифицированное изображение имеет только три крупных уровня разрешения. Пространственная ссылка модифицированного изображения была настроена, чтобы осуществить сопоставимое соотношение сторон и указать функции на каждом уровне.
bim = blockedImage('tumor_091R.tif');
Отобразите целое блокированное изображение на самом прекрасном уровне разрешения. Отобразите сетку контуров блока.
bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine',... 'GridVisible','on','GridLevel',1);
Создайте маску самого грубого уровня разрешения.
Сначала получите изображение одно разрешения самого грубого уровня разрешения. По умолчанию, gather получает данные из самого грубого уровня разрешения.
imcoarse = gather(bim); % Convert the coarse image to grayscale. graycoarse = rgb2gray(imcoarse); % Binarize the grayscale image. In the binarized image, the object of % interest is black and the background is white. bwcoarse = imbinarize(graycoarse); % Take the complement of the binarized image. The resulting mask follows % the convention in which the object of interest is white and the % background is black. mask = imcomplement(bwcoarse);
Создайте блокированное изображение, содержащее маску.
Используйте ту же пространственную ссылку в качестве исходного блокированного изображения. Определите самый грубый уровень разрешения и получите пространственную информацию о ссылке блокированного изображения в первых двух размерностях на том уровне.
coarsestLevel = bim.NumLevels; originalWorldStartcoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2); originalWorldEndcoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2); % % Create the blocked image for the mask. bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartcoarsest,... 'WorldEnd',originalWorldEndcoarsest);
Отобразите рисунок маски.
figure bigimageshow(bmask);
Наложите маску на исходном блокированном изображении. Чтобы подсветить все блоки, которые содержат по крайней мере один ненулевой пиксель маски, задайте порог включения 0.
showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);
Когда вы вызываете showmask впервые, bigimageshow вычисляет отношение ненулевых, чтобы обнулить пиксели маски для каждого блока на самом прекрасном уровне отображенного blockedImage. Это вычисление занимает время, чтобы завершиться, таким образом, может быть некоторая задержка, отображающая маску. Когда вы выполняете последующие вызовы к showmask, функциональные повторные использования вычисленные значения включения и обновления отображенная маска более быстро.