Объект, содержащий информацию об отсеке
Объект отсека SimBiology® представляет контейнер для разновидностей в модели. Размер отсека может варьироваться или остаться постоянным во время симуляции. Все модели должны иметь по крайней мере один отсек, и все разновидности в модели должны быть присвоены отсеку. Имена отсека должны быть уникальными в модели.
Отсеки позволяют вам задавать размер (Capacity) из физически изолированных областей, которые могут влиять на симуляцию и сопоставить пулы разновидностей в тех областях. Можно задать или изменить Capacity используя правила, события и варианты, похожие на суммы разновидностей или значения параметров.
Объект модели хранит отсеки как плоский список. Каждый отсек хранит информацию на своей собственной организации; другими словами, отсек имеет информацию, на котором отсеке он живет в (Owner) и кого это содержит (Compartments).
Плоский список отсеков в объекте модели позволяет вам варьироваться способ, которым отсеки организованы в вашей модели, не делая недействительным выражений.
Чтобы добавить разновидности, которые участвуют в реакциях, добавьте реакцию на модель с помощью addreaction метод. Когда вы задаете реакцию с новой разновидностью:
Если никакие объекты отсека не существуют в модели, addreaction метод создает объект отсека (названный ') в модели и добавляет недавно созданные разновидности в тот отсек.unnamed'
Если только один объект отсека существует в модели, метод создает объект разновидностей в том отсеке.
Если существует больше чем один объект отсека в модели, необходимо квалифицировать имя разновидностей с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить разновидности под названием glucose в отсек под названием cell. Кроме того, если отсек под названием cell не существует, процесс добавления, что реакция создает отсек и называет его cell.
В качестве альтернативы создайте и добавьте объект разновидностей в объект отсека, с помощью addspecies метод в командной строке.
Когда вы используете рабочий стол SimBiology, чтобы создать новую модель, он добавляет пустой отсек (unnamed), в который можно добавить разновидности.
Можно задать реакции, которые пересекают отсеки с помощью синтаксиса compartment1Name.species1Namecompartment2Name.species2Name
Кроме того, если реакция обратима затем существует два случая:
Если кинетическим законом является MassAction, и размерности скорости реакции скорости реакции являются концентрацией/временем, затем продукты должны быть из того же отсека.
Если кинетическим законом не является MassAction, затем и реагенты и продукты должны быть в том же отсеке.
См. Сводные данные Свойства для ссылок на страницы с описанием свойства отсека. Свойства задают характеристики объекта. Используйте getset
| addcompartment (модель, отсек) | Создайте объект отсека |
Методы для объектов отсека
| addcompartment (модель, отсек) | Создайте объект отсека |
| addspecies (модель, отсек) | Создайте разновидности, возражают и добавляют к объекту отсека в объекте модели |
| copyobj | Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы |
| delete | Объект Delete SimBiology |
| display | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
| findUsages (разновидности, параметр, отсек) | Узнайте, как разновидность, параметр или отсек используются в модели |
| get | Получите свойства объектов SimBiology |
| move | Переместите объект отсека SimBiology к новому владельцу |
| rename | Переименуйте выражения обновления и объект |
| переупорядочивание (модель, отсек, кинетический закон) | Переупорядочьте списки компонента |
| set | Установите свойства объектов SimBiology |
Свойства для объектов отсека
| Capacity | Способность отсека |
| CapacityUnits | Полные единицы отсека |
| Compartments | Массив отсеков в модели или отсека |
| Constant | Задайте переменную или постоянную сумму разновидностей, значение параметров или способность отсека |
| ConstantCapacity | Задайте переменную или постоянную способность отсека |
| Name | Задайте имя объекта |
| Notes | Текст HTML, описывающий объект SimBiology |
| Owner | Владение отсеком |
| Parent | Укажите на родительский объект |
| Species | Массив разновидностей в объекте отсека |
| Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
| Units | Модули для суммы разновидностей, значения параметров, способности отсека, заметного выражения |
| UserData | Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом |
| Value | Значение разновидностей, отсека или объекта параметра |
AbstractKineticLaw object, Configset object, KineticLaw object, Model object, Parameter object, Reaction object, Root object, Rule object
