Данные моделирования
SimData объект содержит данные моделирования, которые включают время и данные состояния, а также метаданные, такие как типы и имена для регистрируемых состояний или конфигурации модели, используемой в процессе моделирования.
Вы можете данные времени доступа, данные состояния и метаданные, сохраненные в объекте через свойства объектов. Используйте запись через точку, чтобы запросить свойства объектов или свойства изменения, которые не только для чтения. Можно также использовать get и set команды.
Можно хранить данные от нескольких запусков симуляции как массив SimData объекты. Можно использовать любой SimData функция на массиве SimData объекты.
Создайте SimData объект одним из трех способов.
Возвратите SimData объект после симуляции использования модели sbiosimulate.
Возвратите SimData объект после симуляции модели с помощью SimFunction object.
Возвратите массив SimData объекты после нескольких стохастического использования запусков ансамбля sbioensemblerun.
Экспортируйте результаты симуляции в командную строку после симуляции модели с помощью приложения SimBiology Model Analyzer.
addobservable | Добавьте заметные выражения в SimData |
updateobservable | Обновите заметные выражения или модули в SimData |
renameobservable | Переименуйте observables в SimData |
getdata | Получите данные моделирования от SimData объект |
getsensmatrix | Получите 3-D матрицу чувствительности от SimData объект |
select | Выберите данные моделирования из SimData объект с помощью выражений |
selectbyname | Выберите данные моделирования по наименованию из SimData объект |
resample | Передискретизируйте данные моделирования на новый временной вектор |
get | Получите свойства объектов SimBiology |
set | Установите свойства объектов SimBiology |
delete | Объект Delete SimBiology |
display | Отобразите сводные данные объекта SimBiology |
Загрузите модель белка G.
sbioloadproject gprotein.sbproj;Проверяйте начальные суммы разновидностей.
m1.Species
ans = SimBiology Species Array Index: Compartment: Name: Value: Units: 1 unnamed G 7000 2 unnamed Gd 3000 3 unnamed Ga 0 4 unnamed RL 0 5 unnamed L 6.022e+17 6 unnamed R 10000 7 unnamed Gbg 3000
Выберите только разновидности как состояния, чтобы регистрировать для симуляции.
cs = getconfigset(m1); allspecies = sbioselect(m1,'Type','species'); cs.RuntimeOptions.StatesToLog = allspecies;
Симулируйте модель.
sd = sbiosimulate(m1);
Используйте Свойство данных SimData объект sd получить состояния в итоговом моменте времени. Свойство данных является матрицей m на n, где m является количеством временных шагов, и n является количеством регистрируемых количеств.
finalData = sd.Data(end,:);
Используйте DataInfo свойство получить имена регистрируемых состояний.
info = sd.DataInfo;
Цикл через разновидности и установленный их начальные значения.
numSpecies = length(info); vObj = addvariant(m1,'initCond'); for i = 1:numSpecies addcontent(vObj,{'species',info{i}.Name,'Value',finalData(i)}); end commit(vObj,m1);
Проверьте суммы начальной буквы разновидностей.
m1.Species
ans = SimBiology Species Array Index: Compartment: Name: Value: Units: 1 unnamed G 8562.5 2 unnamed Gd 0.109565 3 unnamed Ga 1437.39 4 unnamed RL 1820.54 5 unnamed L 6.022e+17 6 unnamed R 11.1125 7 unnamed Gbg 1437.5
Загрузите модель Установленного целью расположения препарата (TMDD).
sbioloadproject tmdd_with_TO.sbprojУстановите целевое заполнение (TO) как ответ.
cs = getconfigset(m1);
cs.RuntimeOptions.StatesToLog = 'TO';Получите информацию о дозах.
d = getdose(m1,'Daily Dose');Отсканируйте по различным суммарным дозам с помощью SimBiology.Scenarios объект. Для этого сначала параметрируйте Amount свойство дозы. Затем варьируйтесь соответствующее значение параметров с помощью Scenarios объект.
amountParam = addparameter(m1,'AmountParam','Units',d.AmountUnits); d.Amount = 'AmountParam'; d.Active = 1; doseSamples = SimBiology.Scenarios('AmountParam',linspace(0,300,31));
Создайте SimFunction симулировать модель. Установите TO когда симуляция выводится.
% Suppress informational warnings that are issued during simulation. warning('off','SimBiology:SimFunction:DOSES_NOT_EMPTY'); f = createSimFunction(m1,doseSamples,'TO',d)
f =
SimFunction
Parameters:
Name Value Type Units
_______________ _____ _____________ ____________
{'AmountParam'} 1 {'parameter'} {'nanomole'}
Observables:
Name Type Units
______ _____________ _________________
{'TO'} {'parameter'} {'dimensionless'}
Dosed:
TargetName TargetDimension Amount AmountValue AmountUnits
_______________ ___________________________________ _______________ ___________ ____________
{'Plasma.Drug'} {'Amount (e.g., mole or molecule)'} {'AmountParam'} 1 {'nanomole'}
warning('on','SimBiology:SimFunction:DOSES_NOT_EMPTY');
Симулируйте модель с помощью суммарных доз, сгенерированных Scenarios объект. В этом случае объект генерирует 31 различную дозу; следовательно модель симулирована 31 раз и генерирует SimData массив.
doseTable = getTable(d); sd = f(doseSamples,cs.StopTime,doseTable)
SimBiology Simulation Data Array: 31-by-1
ModelName: TMDD
Logged Data:
Species: 0
Compartment: 0
Parameter: 1
Sensitivity: 0
Observable: 0
Постройте результаты симуляции. Также добавьте две ссылочных линии, которые представляют пороги безопасности и эффективности для TO. В этом примере предположите что любой TO значение выше 0.85 небезопасно, и любой TO значение ниже 0.15 не имеет никакой эффективности.
h = sbioplot(sd); time = sd(1).Time; h.NextPlot = 'add'; safetyThreshold = plot(h,[min(time), max(time)],[0.85, 0.85],'DisplayName','Safety Threshold'); efficacyThreshold = plot(h,[min(time), max(time)],[0.15, 0.15],'DisplayName','Efficacy Threshold');
Постобработайте результаты симуляции. Узнайте, какие суммарные дозы являются эффективными, соответствуя TO ответы в порогах безопасности и эффективности. Для этого добавьте заметное выражение в данные моделирования.
% Suppress informational warnings that are issued during simulation. warning('off','SimBiology:sbservices:SB_DIMANALYSISNOTDONE_MATLABFCN_UCON'); newSD = addobservable(sd,'stat1','max(TO) < 0.85 & min(TO) > 0.15','Units','dimensionless')
SimBiology Simulation Data Array: 31-by-1
ModelName: TMDD
Logged Data:
Species: 0
Compartment: 0
Parameter: 1
Sensitivity: 0
Observable: 1
addobservable функция выполняет новое заметное выражение для каждого SimData в sd и возвращает оцененные результаты как новый SimData массив, newSD, который теперь имеет добавленное заметное (stat1).
SimBiology хранит заметные результаты в двух различных свойствах SimData объект. Если результаты со скалярным знаком, они хранятся в SimData.ScalarObservables. В противном случае они хранятся в SimData.VectorObservables. В этом примере, stat1 заметное выражение со скалярным знаком.
Извлеките скалярные заметные значения и постройте их против суммарных доз.
scalarObs = vertcat(newSD.ScalarObservables); doseAmounts = generate(doseSamples); figure plot(doseAmounts.AmountParam,scalarObs.stat1,'o','MarkerFaceColor','b')
График показывает, что суммарные дозы в пределах от 50 - 180 нанородинок обеспечивают TO ответы, которые лежат в целевых порогах эффективности и безопасности.
Можно обновить заметное выражение с различными пороговыми суммами. Функция повторно вычисляет выражение и возвращает результаты в новый SimData objectArray.
newSD2 = updateobservable(newSD,'stat1','max(TO) < 0.75 & min(TO) > 0.30');
Переименуйте заметное выражение. Функция переименовывает заметное, обновляет любые выражения, которые ссылаются на переименованное заметное (если применимо), и возвращает результаты в новый SimData objectArray.
newSD3 = renameobservable(newSD2,'stat1','EffectiveDose');
Восстановите настройки предупреждения.
warning('on','SimBiology:sbservices:SB_DIMANALYSISNOTDONE_MATLABFCN_UCON');
Compartment | Model | Parameter | Reaction | Species