Чтение данных массива ДНК Affymetrix Mapping из файла аннотаций формата CSV
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID)
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID, 'LookUpField', LookUpFieldValue)
File | Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла файла аннотации Affymetrix ® CSV для набора массива Mapping 10K, набора массива Mapping 100K или набора массива Mapping 500K. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке. |
PID | Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько идентификаторов набора зондов в массиве сопоставления Affymetrix. |
LookUpFieldValue | Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько заголовков столбцов в файле аннотаций Affymetrix CSV. По умолчанию используются поля, показанные в следующей таблице. |
AnnotStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию для одного или нескольких наборов зондов из
|
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID)File, файл аннотации Affymetrix CSV для набора массива Mapping 10K, набора массива Mapping 100K или набора массива Mapping 500K и возвращает AnnotStruct, структура MATLAB, содержащая информацию аннотации для одного или нескольких наборов зондов, указанных PID, символьный вектор, строку, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько идентификаторов набора зондов. AnnotStruct содержит подмножество полей в File. Поля описаны в следующей таблице.
Структура, созданная из файла аннотаций Affymetrix CSV
| Область | Описание |
|---|---|
ProbeSetIDs | Массив ячеек, содержащий уникальные идентификаторы наборов зондов, указанные |
Chromosome | Клеточный массив, содержащий номер хромосомы, на которой расположен каждый набор зондов. |
ChromPosition | Клеточный массив, содержащий геномное положение SNP на хромосоме для каждого набора зондов. |
Cytoband | Клеточный массив, содержащий область цитогенетической полосы хромосомы, на которой расположен каждый набор зондов. |
Sequence | Массив ячеек, содержащий последовательность каждого набора зондов. |
AlleleA | Клеточный массив, содержащий основание, которое является аллелем A для каждого набора зондов. |
AlleleB | Клеточный массив, содержащий основание, которое является аллелем B для каждого набора зондов. |
Accession | Массив ячеек, содержащий регистрационный номер GenBank ® для каждого набора зондов. |
FragmentLength | Массив ячеек, содержащий длину каждого набора зондов. |
AnnotStruct = affysnpannotread(File, PID, 'LookUpField', LookUpFieldValue)LookUpFieldValue, символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько заголовков столбцов в файле аннотаций Affymetrix CSV. По умолчанию используются поля, показанные в предыдущей таблице.
Примечание
Можно загрузить файлы аннотаций Affymetrix CSV, такие как Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv от:
В следующем примере предполагается наличие Mapping50K_Xba240.CDF файл, хранящийся в C:\AffyLibFiles\и что текущая папка указывает на расположение, содержащее Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотаций.
Используйте affyread для создания структуры, содержащей информацию из Mapping50K_Xba240.CDF файл библиотеки.
cdf = affyread('C:\AffyLibFiles\Mapping50K_Xba240.CDF');
Создайте переменную, содержащую массив ячеек имен наборов зондов, которые хранятся в Name области ProbeSets области cdf структура.
probesetIDs = {cdf.ProbeSets.Name}';
Возвращает структуру, содержащую информацию аннотации для всех наборов зондов в Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv файл аннотаций.
snpInfo = affysnpannotread('Mapping50K_Xba240.na25.annot.csv',probesetIDs)
snpInfo =
ProbeSetIDs: {59024x1 cell}
Chromosome: [59024x1 int8]
ChromPosition: [59024x1 double]
Cytoband: {59024x1 cell}
Sequence: {59024x1 cell}
AlleleA: {59024x1 cell}
AlleleB: {59024x1 cell}
Accession: {59024x1 cell}
FragmentLength: [59024x1 double]