Информация об интенсивности зонда Split Affymetrix SNP для аллелей A и B
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct, 'Controls', ControlsValue)
ProbeStruct | Структура MATLAB ®, содержащая информацию об интенсивности зонда из массива Affymetrix ® Mapping DNA, например, celintensityread. |
ControlsValue | Управляет включением контрольных зондов в ProbeStructSplit. Варианты: true или false (по умолчанию). |
ProbeStructSplit | Структура MATLAB, содержащая информацию об интенсивности зонда из массива ДНК Affymetrix Mapping, разделяется на информацию для аллелей A и B. |
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)ProbeStructструктура, содержащая информацию об интенсивности зонда из массива ДНК Affymetrix Mapping, в ProbeStructSplitструктура, содержащая информацию об интенсивности зонда из массива ДНК Affymetrix Mapping, разделенная на информацию для аллелей A и B.
ProbeStructSplit содержит следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
CDFName | Имя файла библиотеки Affymetrix CDF. |
CELNames | Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL. |
NumChips | Количество файлов CEL, считанных в структуру ввода. |
NumProbeSets | Количество наборов зондов в каждом файле CEL. |
NumProbes | Максимальное количество зондов только для одного аллеля в каждом файле CEL. Примечание Если количество зондов для аллеля А не совпадает с количеством зондов для аллеля В, то используется большее число зондов. |
ProbeSetIDs | Массив ячеек идентификаторов набора зондов из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор столбца, содержащий информацию индексации зонда только для одного аллеля в каждом файле ячейки. Зонды в наборе зондов нумеруются Примечание
|
PMAIntensities | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда совершенного соответствия (PM) для аллеля А. Каждая строка соответствует зонду аллеля А, и каждый столбец соответствует CEL-файлу. Строки упорядочены так же, как в |
PMBIntensities | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда совершенного соответствия (PM) для аллеля B. Каждая строка соответствует зонду аллеля B, и каждый столбец соответствует CEL-файлу. Строки упорядочены так же, как в |
MMAIntensities (необязательно) | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда MM (MM) для аллеля A. Каждая строка соответствует зонду аллеля A, и каждый столбец соответствует CEL-файлу. Строки упорядочены так же, как в |
MMBIntensities (необязательно) | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда несоответствия (MM) для аллеля В. Каждая строка соответствует зонду аллеля В, и каждый столбец соответствует CEL-файлу. Строки упорядочены так же, как в |
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct, 'Controls', ControlsValue)true или false (по умолчанию).
Примечание
Контрольные зонды иногда содержат информацию только для одного аллеля. В этом случае значение для соответствующего аллеля (А или В), который отсутствует, устанавливается равным NaN.
В следующем примере предполагается, что текущая папка указывает на расположение, содержащее Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 файлов CEL, связанных с этим файлом библиотеки CDF. Эти файлы связаны с массивом ДНК Affymetrix Mapping.
Используйте celintensityread для чтения Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 файлов CEL, связанных с ним, в структуру MATLAB.
ps = celintensityread('*','Mapping50K_Hind240.CDF')
ps =
CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
CELNames: {18x1 cell}
NumChips: 18
NumProbeSets: 57299
NumProbes: 1145780
ProbeSetIDs: {57299x1 cell}
ProbeIndices: [1145780x1 uint8]
GroupNumbers: [1145780x1 uint8]
PMIntensities: [1145780x18 single]Извлекают интенсивности PM зонда для аллеля A и аллеля B в другую структуру MATLAB без включения информации об интенсивности для контрольных зондов.
ps_split = affysnpintensitysplit(ps)
ps_split =
CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
CELNames: {18x1 cell}
NumChips: 18
NumProbeSets: 57275
NumProbes: 572750
ProbeSetIDs: {57275x1 cell}
ProbeIndices: [572750x1 uint8]
PMAIntensities: [572750x18 single]
PMBIntensities: [572750x18 single]