Создать таблицу результатов квартета зондов SNP для набора зондов Affymetrix
SNPQStruct = affysnpquartets(CELStruct, CDFStruct, PS)
CELStruct | Структура, созданная affyread функция из файла Affymetrix ® CEL, содержащего информацию о значениях интенсивности отдельных зондов . |
CDFStruct | Структура, созданная affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, связанного с файлом CEL. Файл библиотеки CDF содержит информацию о том, какие зонды принадлежат какому набору зондов. |
PS | Индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов. |
SNPQStruct | Структура, содержащая результаты квартета зондов для конкретного набора зондов SNP из данных в CEL-файле и связанном файле библиотеки CDF. |
SNPQStruct = affysnpquartets(CELStruct, CDFStruct, PS)SNPQStructструктура, содержащая результаты квартета зондов для конкретного набора зондов SNP, указанного PS, из данных уровня зонда в файле CEL и связанном файле библиотеки CDF. CELStruct - структура, созданная affyread из файла Affymetrix CEL. PS - индекс набора зондов или идентификатор набора зондов/имя из CDFStruct, структура, созданная affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, связанного с файлом CEL. SNPQStruct - структура, содержащая следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
'ProbeSet' | Идентификатор набора зондов. |
'AlleleA' | Символьный вектор, указывающий основание, которое является аллелем A для набора зондов. |
'AlleleB' | Символьный вектор, указывающий основание, которое является аллелем B для набора зондов. |
'Quartet' | Структурный массив, содержащий значения интенсивности для пар зондов PM (идеальное совпадение) и MM (несовпадение), включая сенсорные и антисмысловые зонды для аллелей A и B. Каждая структура в массиве соответствует паре зондов в наборе зондов. |
В следующем примере используется NA06985_Hind_B5_3005533.CEL файл. Этот и другие примеры файлов CEL можно загрузить из:
NA06985_Hind_B5_3005533.CEL файл включен в 100K_trios.hind.1.zip файл.
В следующем примере используется файл библиотеки CDF для массива Mapping 50K Hind 240, который можно загрузить из:
В следующем примере предполагается, что NA06985_Hind_B5_3005533.CEL файл хранится в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке. Также предполагается, что связанный файл библиотеки CDF ,Mapping50K_Hind240.cdf, хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\.
Считывание содержимого CEL-файла в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('NA06985_Hind_B5_3005533.CEL');Считывание содержимого CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Mapping50K_Hind240.cdf');Создайте структуру, содержащую результаты квартета зонда SNP для SNP_A-1684395 набор зондов.
SNPQStruct = affysnpquartets(celStruct,cdfStruct,'SNP_A-1684395')
SNPQStruct =
ProbeSet: 'SNP_A-1684395'
AlleleA: 'A'
AlleleB: 'G'
Quartet: [1x5 struct]Просмотрите значения интенсивности первой пары зондов в наборе зондов.
SNPQStruct.Quartet(1)
ans =
A_Sense_PM: 5013
B_Sense_PM: 1290
A_Sense_MM: 1485
B_Sense_MM: 686
A_Antisense_PM: 3746
B_Antisense_PM: 1406
A_Antisense_MM: 1527
B_Antisense_MM: 958