Exponenta Banner
exponenta event banner

probesetvalues

Создание таблицы значений интенсивности набора зондов Affymetrix

свернуть все на странице

Синтаксис

PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS)
PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS, 'Background', BackgroundValue)
ColumnNames = probesetvalues

Входные аргументы

CELStruct Структура, созданная affyread из файла Affymetrix ® CEL .
CDFStructСтруктура, созданная affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, связанного с файлом CEL.
PSИндекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов.
BackgroundValue

Управляет коррекцией фона в расчете. Возможны следующие варианты:

  • true (по умолчанию) - фоновые значения из Background в поле PSValues матрицы используются для вычисления значений интенсивности зонда.

  • false - Фоновые значения не рассчитываются.

  • Вектор предварительно рассчитанных фоновых значений (например, возвращаемых zonebackadj функция), длина которой равна количеству зондов в CELStruct. Эти фоновые значения используются для вычисления значений интенсивности зонда.

Совет

Включение фоновой коррекции в расчет значений интенсивности зонда может быть медленным. Поэтому настройка 'Background' кому false может ускорить расчет. Однако значения, возвращенные в 'Background' области PSValues матрица будет равна нулю.

Выходные аргументы

PSValuesМатрица из двадцати столбцов с одной строкой для каждой пары зондов в наборе зондов.
ColumnNamesМассив ячеек символьных векторов, содержащих имена столбцов PSValues матрица. Возвращается только при вызове probesetvalues без входных аргументов.

Описание

PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS) создает таблицу значений интенсивности для PS, набор зондов, из данных уровня зондов в CELStruct, структура, созданная affyread из файла Affymetrix CEL. PS - индекс набора зондов или идентификатор набора зондов/имя из CDFStruct, структура, созданная affyread из файла библиотеки Affymetrix CDF, связанного с файлом CEL. PSValues - матрица из двадцати столбцов с одной строкой для каждой пары зондов в наборе зондов. Столбцы соответствуют следующим полям.

КолонкаОбластьОписание
1'ProbeSetNumber'Номер, идентифицирующий набор зондов, которому принадлежит пара зондов.
2'ProbePairNumber'Индекс пары зондов в наборе зондов.
3'UseProbePair'Это поле предназначено только для обратной совместимости и в настоящее время не используется.
4'Background'Расчетный фон значений интенсивности зонда пары зондов.
5'PMPosX'x-координата идеального зонда соответствия.
6'PMPosY'координата y идеального зонда соответствия.
7'PMIntensity'Значение интенсивности зонда идеального соответствия.
8'PMStdDev'Стандартное отклонение значения интенсивности зонда идеального соответствия.
9'PMPixels'Число пикселей в ячейке, содержащей зонд идеального соответствия.
10'PMOutlier'Флаг true/false, указывающий, был ли зонд идеального соответствия помечен как отклонение.
11'PMMasked'Флаг true/false, указывающий, был ли замаскирован зонд идеального соответствия.
12'MMPosX'координата x зонда рассогласования.
13'MMPosY'координата y зонда рассогласования.
14'MMIntensity'Значение интенсивности зонда несоответствия.
15'MMStdDev'Стандартное отклонение значения интенсивности зонда рассогласования.
16'MMPixels'Число пикселей в ячейке, содержащей датчик несоответствия.
17'MMOutlier'Флаг true/false, указывающий, был ли датчик несоответствия помечен как отклонение.
18'MMMasked'Флаг true/false, указывающий, был ли замаскирован зонд несоответствия.
19'GroupNumber'Номер, идентифицирующий группу, к которой относится пара зондов. Для массивов выражений это всегда 1. Для массивов генотипирования это, как правило, 1 (аллель А, смысл), 2 (аллель B, смысл), 3 (аллель А, антисмысловой), или 4 (аллель В, антисмысловой).
20'Direction'Номер, определяющий направление пары зондов. 1 = sense и 2 = антисмысловой.

Примечание

Использование программного обеспечения MATLAB ®1- индексирование для номеров наборов зондов, в то время как файл Affymetrix CDF использует 0- индексация на основе номеров наборов зондов. Например, CDFStruct.ProbeSets(1) имеет ProbeSetNumber из 0 в ProbePairs поле.

PSValues = probesetvalues(CELStruct, CDFStruct, PS, 'Background', BackgroundValue) управляет коррекцией фона в расчете. BackgroundValue могут быть:

  • true (по умолчанию) - фоновые значения из Background в поле PSValues матрицы используются для вычисления значений интенсивности зонда.

  • false - Фоновые значения не рассчитываются.

  • Вектор предварительно рассчитанных фоновых значений (например, возвращаемых zonebackadj функция), длина которой равна количеству зондов в CELStruct. Эти фоновые значения используются для вычисления значений интенсивности зонда.

Совет

Включение фоновой коррекции в расчет значений интенсивности зонда может быть медленным. Поэтому настройка 'Background' кому false может ускорить расчет. Однако значения, возвращенные в 'Background' области PSValues матрица будет равна нулю.

ColumnNames = probesetvalues возвращает массив ячеек символьных векторов, содержащих имена столбцов PSValues матрица. ColumnNames возвращается только при вызове probesetvalues без входных аргументов. Информация, содержащаяся в ColumnNames является общим для всех массивов Affymetrix GeneChip ®.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий

В этом примере используются данные образца из антисмыслового массива генома E. coli. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT с помощью инструмента передачи данных.

Также необходимо загрузить файл Ecoli_ASv2.CDF библиотеки для антисмыслового массива генома кишечной палочки. У вас уже могут быть эти файлы, если на вашем компьютере установлено какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip. Если нет, получите файлы библиотеки, загрузив и распаковав zip-файл E.coli Antisense Genome Array.

Считывание содержимого CEL-файла в структуру MATLAB.

celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');

Считывание содержимого CDF-файла в структуру MATLAB.

cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');

Используйте zonebackadj функция для возврата матрицы или массива ячеек векторов, содержащих оцененные фоновые значения для каждого зонда.

[baData,zones,background] = zonebackadj(celStruct,'cdf',cdfStruct);

Создание таблицы значений интенсивности для argG_b3172_at набор зондов.

psvals = probesetvalues(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at',...
         'background',background)

psvals =

   1.0e+03 *

  Columns 1 through 7

    5.2120         0         0    0.0454    0.4300    0.1770    0.1690
    5.2120    0.0010         0    0.0455    0.4310    0.1770    0.1273
    5.2120    0.0020         0    0.0455    0.4320    0.1770    0.1270
    5.2120    0.0030         0    0.0455    0.4330    0.1770    0.1333
    5.2120    0.0040         0    0.0455    0.4340    0.1770    0.2123
    5.2120    0.0050         0    0.0455    0.4350    0.1770    0.1495
    5.2120    0.0060         0    0.0455    0.4360    0.1770    0.0503
    5.2120    0.0070         0    0.0456    0.4370    0.1770    0.1525
    5.2120    0.0080         0    0.0456    0.4380    0.1770    0.1645
    5.2120    0.0090         0    0.0456    0.4390    0.1770    0.1260
    5.2120    0.0100         0    0.0456    0.4400    0.1770    0.0540
    5.2120    0.0110         0    0.0456    0.4410    0.1770    0.0833
    5.2120    0.0120         0    0.0457    0.4420    0.1770    0.0955
    5.2120    0.0130         0    0.0457    0.4430    0.1770    0.1100
    5.2120    0.0140         0    0.0457    0.4440    0.1770    0.2510

  Columns 8 through 14

    0.0354    0.0250         0         0    0.4300    0.1780    0.1635
    0.0218    0.0300         0         0    0.4310    0.1780    0.1003
    0.0237    0.0300         0         0    0.4320    0.1780    0.1750
    0.0259    0.0360         0         0    0.4330    0.1780    0.0940
    0.0433    0.0360         0         0    0.4340    0.1780    0.1718
    0.0275    0.0360         0         0    0.4350    0.1780    0.1540
    0.0112    0.0300         0         0    0.4360    0.1780    0.0460
    0.0377    0.0360         0         0    0.4370    0.1780    0.1070
    0.0312    0.0360         0         0    0.4380    0.1780    0.0973
    0.0234    0.0360         0         0    0.4390    0.1780    0.1213
    0.0112    0.0360         0         0    0.4400    0.1780    0.0540
    0.0174    0.0360         0         0    0.4410    0.1780    0.0623
    0.0171    0.0300         0         0    0.4420    0.1780    0.0840
    0.0196    0.0360         0         0    0.4430    0.1780    0.0925
    0.0460    0.0360         0         0    0.4440    0.1780    0.1118

  Columns 15 through 20

    0.0241    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0146    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0286    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0227    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0365    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0303    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0098    0.0250         0         0    0.0010    0.0020
    0.0210    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0219    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0253    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0129    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0125    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0186    0.0300         0         0    0.0010    0.0020
    0.0220    0.0360         0         0    0.0010    0.0020
    0.0207    0.0360         0         0    0.0010    0.0020

См. также

| | | | | | |

Темы

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка