Exponenta Banner
exponenta event banner

getSummary

Класс: BioMap

Печать сводки BioMap объект

Синтаксис

getSummary(BioObj)
ds = getSummary(BioObj)

Описание

getSummary(BioObj) печатает сводку BioMap объект. Сводка включает имена ссылок, количество последовательностей, отображаемых на каждую ссылку, и диапазон генома, который последовательности охватывают в каждой ссылке.

ds = getSummary(BioObj) возвращает сводную информацию в dataset массив.

Входные аргументы

BioObj

Объект BioMap класс.

Выходные аргументы

ds

dataset массив, содержащий сводку BioMap объект, BioObj. Массив наборов данных имеет наблюдение (строку) для каждой ссылки в BioObjи две переменные (столбцы): количество последовательностей, отображаемых на каждую ссылку, и геномный диапазон, который последовательности охватывают в каждой ссылке.

getSummary сохраняет дополнительные метаданные для BioMap объект в UserData имущество ds, доступ к которому можно получить с помощью ds.Properties.UserData.

Примеры

Построить BioMap , а затем отобразить сводку объекта:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj2 = BioMap('ex2.sam');
getSummary(BMObj2)
BioMap summary:
                                  Name: ''
                        Container_Type: 'Data is file indexed.'
             Total_Number_of_Sequences: 3307
    Number_of_References_in_Dictionary: 2

            Number_of_Sequences    Genomic_Range
    seq1    1501                   1  1569      
    seq2    1806                   1  1567

См. также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка