Документация

Предпосылки

A BioRead объект представляет коллекцию операций чтения последовательности. Каждый элемент объекта связан с последовательностью, заголовком последовательности и информацией о качестве последовательности.

Построить BioRead объект одним из двух способов:

Создание объекта BioRead из файла, отформатированного FASTQ- или SAM

Используйте BioRead функция конструктора для построения BioRead из файла, отформатированного в FASTQ, и задайте Name свойство:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq', 'Name', 'MyObject')

BRObj1 = 

  BioRead with properties:

     Quality: [50x1 File indexed property]
    Sequence: [50x1 File indexed property]
      Header: [50x1 File indexed property]
       NSeqs: 50
        Name: 'MyObject'

Функция конструктора создает BioRead и, если индексный файл еще не существует, он также создает индексный файл с тем же именем, но с расширением .IDX. Этот индексный файл по умолчанию хранится в том же расположении, что и исходный файл.

Предпосылки

A BioMap объект представляет коллекцию считываний последовательности, которая сопоставляется с одной ссылочной последовательностью. Каждый элемент в объекте связан с последовательностью считывания, заголовком последовательности, информацией о качестве последовательности и информацией выравнивания/отображения.

При создании BioMap объект из файла BAM, максимальный размер файла ограничен операционной системой и доступной памятью.

Построить BioMap объект одним из двух способов:

Создание объекта BioMap из файла в формате SAM- или BAM

Функция конструктора создает BioMap и, если индексные файлы еще не существуют, он также создает один или два индексных файла:

Создание объекта BioMap из структуры SAM или BAM

Получение свойства из объекта BioRead или BioMap

Можно извлечь определенное свойство из элементов в BioRead или BioMap объект.

Например, для извлечения всех заголовков из BioRead объект, используйте Header следующим образом:

allHeaders = BRObj1.Header;

Этот синтаксис возвращает массив ячеек, содержащий заголовки для всех элементов в BioRead объект.

Аналогично, чтобы извлечь все начальные положения выровненных последовательностей считывания из BioMap объект, используйте Start свойство объекта:

allStarts = BMObj1.Start;

Этот синтаксис возвращает вектор, содержащий начальные позиции выровненных последовательностей считывания относительно номеров позиций в ссылочной последовательности в BioMap объект.

Извлечение нескольких свойств из объекта BioRead или BioMap

Можно получить несколько свойств из BioRead или BioMap в одной команде с использованием get способ. Например, для получения информации о начальных позициях и заголовках BioMap объект, используйте get способ следующим образом:

multiProp = get(BMObj1, {'Start', 'Header'});

Этот синтаксис возвращает массив ячеек, содержащий все начальные позиции и заголовки BioMap объект.

Получение подмножества информации из объекта BioRead или BioMap

Использовать специализированные get методы с числовым вектором, логическим вектором или массивом ячеек заголовков для извлечения подмножества информации из объекта. Например, для извлечения первых 10 элементов из BioRead объект, используйте getSubset способ:

newBRObj = getSubset(BRObj1, [1:10]);

Этот синтаксис возвращает новый BioRead объект, содержащий первые 10 элементов в оригинале BioRead объект.

Например, чтобы извлечь первые 12 позиций последовательностей с заголовками SRR005164.1, SRR005164.7 и SRR005164.16, используйте getSubsequence способ:

subSeqs = getSubsequence(BRObj1, ...
          {'SRR005164.1', 'SRR005164.7', 'SRR005164.16'}, [1:12]')

subSeqs = 

    'TGGCTTTAAAGC'
    'CCCGAAAGCTAG'
    'AATTTTGCGGCT'

Например, для извлечения информации о третьем элементе в BioMap объект, используйте getInfo способ:

Info_3 = getInfo(BMObj1, 3);

Этот синтаксис возвращает разделенный табуляцией вектор символов, содержащий следующую информацию для третьего элемента:

Предпосылки

Изменение свойств (кроме Name и Reference) BioRead или BioMap , данные должны находиться в памяти, а не индексироваться. Чтобы убедиться, что данные находятся в памяти, выполните одно из следующих действий:

Предоставление пользовательских заголовков для последовательностей

Сначала создайте объект с данными в памяти:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true);

Чтобы предоставить пользовательские заголовки для интересующих последовательностей (в данном случае последовательностей с 1 по 5), выполните следующие действия:

BRObj1.Header(1:5) = {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'};

Кроме того, можно использовать setHeader способ:

BRObj1 = setHeader(BRObj1, {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'}, [1:5]);

Несколько других специализированных set методы позволяют задать свойства подмножества элементов в BioRead или BioMap объект.

Фильтровать несопоставленные последовательности чтения

Фильтрация последовательностей чтения, не сопоставленных в паре