Чтение информации о цитогенетических связках
CytoStruct = cytobandread(File)
File | Символьный вектор или строка, задающая файл, содержащий цитогенетические данные G-banding, такой как текстовый файл идеограммы NCBI или текстовый файл цитобанда браузера генома UCSC. |
CytoStruct | Структура, содержащая цитогенетические данные G-banding в следующих областях:
|
CytoStruct = cytobandread(File)File, который является символьным вектором или строкой, указывающей файл, содержащий цитогенетические данные G-banding, и возвращает CytoStruct, которая представляет собой структуру, содержащую следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
ChromLabels | Клеточный массив, содержащий хромосомную метку (число или букву), на которой расположена каждая полоса. |
BandStartBPs | Вектор столбца, содержащий номер базовой пары в начале каждой полосы. |
BandEndBPs | Вектор столбца, содержащий номер базовой пары в конце каждой полосы. |
BandLabels | Массив ячеек, содержащий метку FISH каждого диапазона, например: p32.3. |
GieStains | Массив ячеек, содержащий результат окрашивания Giemsa для каждой полосы. Возможные результаты окрашивания зависят от вида. Например, для Homo sapiens возможны следующие варианты:
|
Совет
Файлы, содержащие цитогенетические данные G-banding, можно загрузить с ftp-сайта NCBI или UCSC Genome Browser. Например, можно загрузить данные цитогенетического связывания для Homo sapiens из:
Прочитайте информацию о цитогенетической связке для Homo sapiens в структуру.
bands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')bands = struct with fields:
ChromLabels: {862x1 cell}
BandStartBPs: [862x1 int32]
BandEndBPs: [862x1 int32]
BandLabels: {862x1 cell}
GieStains: {862x1 cell}
Постройте всю хромосомную идеограмму.
chromosomeplot(bands)
title('Human Karyogram')