Сюжетная хромосомная идеограмма с рисунком G-banding
chromosomeplot(CytoData)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'Orientation', OrientationValue, ...)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue, ...)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...)
chromosomeplot(..., 'Unit', UnitValue, ...)
chromosomeplot(..., 'CNV', CNVValue, ...)
CytoData | Одно из следующих действий:
Совет Используйте |
ChromNum | Скалярный или символьный вектор или строка, задающая одну хромосому для построения графика. Допустимыми записями являются целые числа, 'X', и 'Y'. Примечание Настройка |
OrientationValue | Символьный вектор или строка или число, указывающее ориентацию идеограммы одной хромосомы, указанной ChromNum. Варианты: 'Vertical' или 1 (по умолчанию) и 'Horizontal' или 2. |
ShowBandLabelValue | Управление отображением меток областей данных (например, q25.3) при построении единой хромосомной идеограммы, указанной ChromNum. Варианты: true (по умолчанию) или false. |
AddToPlotValue | Имя переменной оси фигуры, к которой добавляется одиночная хромосомная идеограмма, указанная ChromNum. Примечание Если это свойство используется для добавления идеограммы к графику геномных данных в единицах, отличных от bp, используйте Совет Перед печатью фигуры, содержащей добавленную хромосомную идеограмму, измените фон на белый, выдав следующую команду: set(gcf,'color','w') |
UnitValue | Целое число, указывающее единицы измерения (пары оснований, пары оснований килограммов или пары оснований мега) для начального и конечного геномных положений. Эта единица используется в подсказке данных, отображаемой при наведении курсора на хромосомы на идеограмме. Этот блок также может использоваться при использовании 'AddToPlot' для добавления идеограммы к графику в единицах, отличных от bp. Варианты: 1 (bp), 2 (kb), или 3 (мб). По умолчанию: 1 (п.н.). |
CNVValue | Управляет отображением данных отклонения номера копии (CNV), предоставленных CNVValue, выровненный по хромосомной идеограмме. Выигрыши отображаются зеленым цветом справа или выше идеограммы, а потери - красным цветом слева или ниже идеограммы. CNVValue - структурный массив, содержащий четыре поля, описанные в таблице ниже. |
chromosomeplot( строит график идеограммы всех хромосом, используя информацию из CytoData)CytoDataструктура, содержащая цитогенетические данные G-banding (в единицах bp) или символьный вектор или строку, задающую файл, содержащий цитогенетические данные G-banding (в единицах bp), такой как текстовый файл идеограммы NCBI или текстовый файл цитобанда UCSC Genome Browser. Полосы G различают различные области хромосомы. Например, для идеограммы Homo sapiens возможными диапазонами G являются:
gneg - белый
gpos25 - светло-серый
gpos50 - средняя серая
gpos75 - темно-серый
gpos100 - черный
acen - красный (центромер)
stalk - область с отступом (область с повторами)
gvar - светло-синий
Более темные полосы богаты AT, в то время как более светлые полосы богаты GC.
chromosomeplot( строит график идеограммы одной хромосомы, указанной CytoData, ChromNum)ChromNum.
chromosomeplot(..., ' требования PropertyName', PropertyValue, ...)chromosomeplot с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
chromosomeplot( определяет ориентацию идеограммы одной хромосомы, указанной CytoData, ChromNum, ...,'Orientation', OrientationValue, ...)ChromNum. Варианты: 'Vertical' или 1 (по умолчанию) и 'Horizontal' или 2.
Примечание
При построении идеограммы всех хромосом ориентация всегда вертикальная.
chromosomeplot( отображает метки полосы (например, q25.3) при построении одной хромосомной идеограммы, указанной CytoData, ChromNum, ...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue, ...)ChromNum. Варианты: true (по умолчанию) или false.
chromosomeplot( добавляет однохромосомную идеограмму, заданную CytoData, ChromNum, ...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...)ChromNum, к оси фигуры, указанной AddToPlotValue.
Примечание
Если это свойство используется для добавления идеограммы к графику геномных данных в единицах, отличных от bp, используйте 'Unit' для преобразования данных идеограммы в соответствующие единицы.
Совет
Перед печатью фигуры, содержащей добавленную хромосомную идеограмму, измените фон на белый, выдав следующую команду:
set(gcf,'color','w')
chromosomeplot(..., 'Unit', определяет единицы измерения (пары оснований, пары оснований в килограммах или мегапараты оснований) для начального и конечного геномных положений. Эта единица используется в подсказке данных, отображаемой при наведении курсора на хромосомы на идеограмме. Этот блок также может использоваться при использовании UnitValue, ...)'AddToPlot' для добавления идеограммы к графику в единицах, отличных от bp. Варианты: 1 (bp), 2 (kb), или 3 (мб). По умолчанию: 1 (п.н.).
chromosomeplot(..., 'CNV', отображает данные отклонения количества копий (CNV), предоставленные CNVValue, ...)CNVValue, выровненный по хромосомной идеограмме. Выигрыши отображаются зеленым цветом справа или выше идеограммы, а потери - красным цветом слева или ниже идеограммы. CNVValue является массивом структуры, содержащим следующие поля. Каждое поле должно содержать одинаковое количество элементов.
| Область | Описание |
|---|---|
Chromosome | Одно из следующих действий:
|
CNVType | Числовой вектор, содержащий тип каждого CNV. |
Start | Числовой вектор, содержащий исходное геномное положение каждого CNV. Единицы измерения должны состоять из базовых пар. |
End | Числовой вектор, содержащий конечное геномное положение каждого CNV. Единицы измерения должны состоять из базовых пар. |
Прочитайте информацию о цитогенетической связке для Homo sapiens в структуру.
hs_cytobands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')hs_cytobands = struct with fields:
ChromLabels: {862x1 cell}
BandStartBPs: [862x1 int32]
BandEndBPs: [862x1 int32]
BandLabels: {862x1 cell}
GieStains: {862x1 cell}
Постройте всю хромосомную идеограмму.
chromosomeplot(hs_cytobands);
title('Human Karyogram')
Можно отобразить идеограмму определенной хромосомы, щелкнув ее правой кнопкой мыши на графике, а затем выбрав команду «Показать на новой фигуре» > «Вертикальная» или «Горизонтальная».
Также можно программно отобразить идеограмму конкретной хромосомы, задать ориентацию и единицы измерения, используемые в подсказке данных для пар оснований килограммов.
chromosomeplot(hs_cytobands, 15, 'Orientation', 2, 'Unit', 2);
Наведите курсор на хромосому, чтобы просмотреть наконечник данных. Чтобы получить дополнительную информацию об определенной области данных, нажмите кнопку «Курсор данных» на панели инструментов и щелкните область данных на графике. Используйте контекстное меню (щелкните правой кнопкой мыши) для просмотра дополнительных параметров, таких как удаление или создание подсказки по данным.
Загрузить данные CGH (aCGH) на основе массива из исследования клеточной линии Кориелла (Snijders, A. et al., 2001).
load coriell_baccghИспользуйте cghcbs функция анализа хромосомы 10 образца 3 (GM05296) данных aCGH и данных дисперсии числа возвращаемых копий (CNV) в структуре, S. График сегмента означает, что исходные данные относятся только к хромосоме 10 образца 3.
S = cghcbs(coriell_data,'sampleindex',3,'chromosome',10,... 'showplot',10);
Analyzing: GM05296. Current chromosome 10
Используйте функцию хромосомеплота с опцией «addtoplot», чтобы добавить на график идеограмму хромосомы 10 для Homo sapiens. Поскольку график данных CNV из исследования клеточной линии Кориелла находится в КБ, используйте свойство «Unit» для преобразования данных идеограммы в КБ.
set(gcf,'color','w'); % Set the background of the figure to white. chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 10, 'addtoplot', gca,... 'Unit', 2);
[1] Снайдерс, А.М., Новак, Н., Сегрейвс, Р., Блэквуд, С., Браун, Н., Конрой, Дж., Гамильтон, Г., Хиндл, А.К., Хьюи, Б., Кимура, К., Ло, С., Мямбо, К., Палмер, Дж. Грей, Джей У., Джейн, А.Н., Пинкел, Д. и Альбертсон, Д.Г. (2001). Сборка микрочипов для измерения числа копий ДНК по всему геному. Генетика природы 29, 263-264.