Exponenta Banner
exponenta event banner

свойства терминов

Класс: geneont

Вектор столбца только для чтения с дескрипторами для терминов объектов geneont

Описание

terms является свойством класса geneont, доступным только для чтения. terms является вектором-столбцом с маркерами к объектам-членам объекта geneont.

Примечание

Хотя terms является вектором-столбцом с дескрипторами для объектов-терминов, в окне команд MATLAB ® он отображается в виде структурного массива с одной структурой для каждого члена GO в объекте geneont .

Ценности

Информация в этой структуре используется для доступа (по идентификатору GO) к терминам объекта geneont и просмотра свойств отдельных терминов.

Примеры

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27786 Terms.

  2. Используйте terms свойство для отображения массива структуры MATLAB, содержащего 27 786 объектов терминов, связанных с объектом geneont.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Примечание

    Хотя terms свойство представляет собой массив дескрипторов для объектов-терминов, в окне команд MATLAB он отображается как массив структуры с одной структурой для каждого члена GO в объекте geneont.

  3. Используйте terms свойство для просмотра свойств объекта-термина в 14, 723-й позиции в объекте geneont.

    GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

  4. Создайте массив ячеек из векторов символов, которые перечисляют ontology для каждого члена в объекте geneont.

    ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');

  5. Создание логической маски, идентифицирующей все термины с помощью ontology имущество cellular component.

    mask = strcmp(ontologies,'cellular component');

  6. Применить логическую маску ко всем терминам в GeneontObj geneont object для возврата массива структуры MATLAB объектов-терминов, содержащих только термины с ontology имущество cellular component.

    cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)
2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 2362 условия с ontology имущество cellular component.

  7. Создайте субонтологию всех членов сотового компонента путем индексирования в GeneontObj объект geneont с маскированным термином objects.

    subontology = GeneontObj(cell_comp_terms)

Gene Ontology object with 2367 Terms.

См. также

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка