класс geneont

Суперклассы:

Структура данных, содержащая информацию о генной онтологии (GO)

Описание

Генеонтовый объект - это структура данных, содержащая информацию о генной онтологии. Вы можете исследовать и пересекать термины генной онтологии, используя отношения «is_a» и «part_of».

Строительство

geneont

Создание объекта geneont и объектов терминов

Методы

getancestors	Найти термины, которые являются предками указанного термина генной онтологии (GO)
getdescendants	Найти термины, которые являются потомками указанного термина генной онтологии (GO)
getmatrix	Преобразовать объект geneont в матрицу взаимосвязей
getrelatives	Найти термины, которые являются родственниками указанного термина генной онтологии (GO)

Свойства

дата	Вектор символов только для чтения, содержащий дату и время последнего обновления OBO-файла
default_namespace	Вектор символов только для чтения, содержащий пространство имен, которому назначены термины GO
format_version	Вектор символов только для чтения, содержащий версию кодировки OBO-файла
условия	Вектор столбца только для чтения с дескрипторами для терминов объектов geneont

Иерархия экземпляров

Объект geneont содержит объекты терминов.

Копирование семантики

Ручка. Сведения о том, как это влияет на использование класса, см. в разделе Копирование объектов в документации по основам программирования MATLAB ®.

Индексация

Для создания субонтологии можно использовать индексирование в скобках () с использованием идентификаторов (чисел) GO или терминов GO (объектов терминов). См. примеры ниже.

Примеры

Пример 17. Индексирование в генеонтный объект с использованием идентификатора GO

Можно создать субонтологию путем индексирования в генеонтный объект с помощью идентификатора GO.

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Создание субонтологии путем возврата терминов с идентификаторами GO GO:000005 через GO:000010.
```
subontology1 = GeneontObj(5:10)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```
Создание субонтологии путем возврата термина с идентификатором GO GO:000100.
```
subontology2 = GeneontObj(100)

Gene Ontology object with 1 Terms.
```

Пример 18. Индексирование в генеонтный объект с использованием термина GO

Можно создать субонтологию путем индексирования в генеонтный объект с помощью термина GO.

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Создайте массив объектов-терминов, содержащих с пятого по десятое члены объекта geneont.
```
termObject = GeneontObj.terms(5:10)

6x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete
```
Примечание
Срок действия ГО 5 является положением объекта-термина в объекте geneont и не обязательно совпадает с объектом-термином с идентификатором GO GO:000005 используется в первом примере. Это происходит потому, что существует много терминов, которые устарели и не включены в объект geneont как объекты терминов.
Создайте субонтологию, вернув пятый-десятый члены генеонтного объекта.
```
subontology3 = GeneontObj(termObject)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```

См. также

goannotread | num2goid | term

Документация