genpeptread

Чтение данных из файла GenPept

Синтаксис

GenPeptData = genpeptread(File) GenPeptData = genpeptread(File, 'TimeOut', TimeOutValue)

Аргументы

`File`	Одно из следующих действий: Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл, на который имеется ссылка, имеет формат GenPept. Если указано только имя файла, этот файл должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке MATLAB. Массив символов MATLAB, содержащий текст файла в формате GenPept. Совет Вы можете использовать `getgenpept` функции с помощью `'ToFile'` для получения информации о последовательности из базы данных GenPept и создания файла в формате GenPept.
`TimeOutValue`	Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь.
`GenPeptData`	Структура MATLAB или массив структур, содержащих поля, соответствующие ключевым словам GenPept.

Описание

Примечание

NCBI изменил название своей белковой поисковой системы с GenPept на Entrez Protein. Однако названия функций в программном обеспечении Bioinformatics Toolbox™ (getgenpept и genpeptread) являются неизменными, представляя все еще используемый формат отчета GenPept.

GenPeptData = genpeptread(File) читает файл в формате GenPept, File, и создает GenPeptDataструктура или массив структур, содержащих поля, соответствующие ключевым словам GenPept. Когда File содержит несколько записей, каждая запись хранится как отдельный элемент в GenPeptData. Список ключевых слов GenPept см. в разделе https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html.

GenPeptData = genpeptread(File, 'TimeOut', TimeOutValue) задает время ожидания подключения (в секундах) для чтения данных из удаленного файла или URL-адреса.

Примеры

Извлеките информацию о последовательности для белка, закодированного геном HEXA, сохраните данные в файле и затем прочтите в программное обеспечение MATLAB.

getgenpept('p06865', 'ToFile', 'TaySachs_Protein.txt')
genpeptread('TaySachs_Protein.txt')

См. также

fastaread | genbankread | getgenpept | pdbread | seqviewer

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.