pdbread

Считывание данных из файла банка данных белка (PDB)

Синтаксис

PDBStruct = pdbread(File) PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue) PDBStruct = pdbread(File,'TimeOut', TimeOutValue)

Входные аргументы

`File`	Одно из следующих действий: Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Указанный файл является форматированным файлом банка данных белка (PDB) (текстовый файл ASCII). Если указано только имя файла, этот файл должен находиться в пути поиска ^MATLAB ® или в текущей папке MATLAB. Символьный массив или вектор столбца строк, содержащий текст файла в формате PDB. Совет Вы можете использовать `getpdb` функции с помощью `'ToFile'` свойство для извлечения данных структуры белка из базы данных PDB и создания файла в формате PDB.
`ModelNumValue`	Положительное целое число, указывающее модель в файле в формате PDB.
`TimeOutValue`	Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь.

Выходные аргументы

PDBStruct Структура MATLAB содержит поле для каждой записи PDB.

Описание

База данных банка данных белка (PDB) представляет собой архив экспериментально определенных данных о 3-D биологической макромолекулярной структуре. Дополнительные сведения о формате PDB см. в разделе:

https://www.wwpdb.org/documentation/file-format

PDBStruct = pdbread(File) считывает данные из текстового файла в формате PDB File и сохраняет данные в структуре MATLAB, PDBStruct, который содержит поле для каждой записи PDB. В следующей таблице представлены возможные записи PDB и соответствующие поля в структуре MATLAB. PDBStruct:

Запись базы данных PDB	Поле в структуре MATLAB
`HEADER`	`Header`
`OBSLTE`	`Obsolete`
`TITLE`	`Title`
`CAVEAT`	`Caveat`
`COMPND`	`Compound`
`SOURCE`	`Source`
`KEYWDS`	`Keywords`
`EXPDTA`	`ExperimentData`
`AUTHOR`	`Authors`
`REVDAT`	`RevisionDate`
`SPRSDE`	`Superseded`
`JRNL`	`Journal`
`REMARK 1`	`Remark1`
`REMARK N` Примечание N равно от 2 до 999.	`Remarkn` Примечание n равно от 2 до 999.
`DBREF`	`DBReferences`
`SEQADV`	`SequenceConflicts`
`SEQRES`	`Sequence`
`FTNOTE`	`Footnote`
`MODRES`	`ModifiedResidues`
`HET`	`Heterogen`
`HETNAM`	`HeterogenName`
`HETSYN`	`HeterogenSynonym`
`FORMUL`	`Formula`
`HELIX`	`Helix`
`SHEET`	`Sheet`
`TURN`	`Turn`
`SSBOND`	`SSBond`
`LINK`	`Link`
`HYDBND`	`HydrogenBond`
`SLTBRG`	`SaltBridge`
`CISPEP`	`CISPeptides`
`SITE`	`Site`
`CRYST1`	`Cryst1`
`ORIGXn`	`OriginX`
`SCALEn`	`Scale`
`MTRIXn`	`Matrix`
`TVECT`	`TranslationVector`
`MODEL`	`Model`
`ATOM`	`Atom`
`SIGATM`	`AtomSD`
`ANISOU`	`AnisotropicTemp`
`SIGUIJ`	`AnisotropicTempSD`
`TER`	`Terminal`
`HETATM`	`HeterogenAtom`
`CONECT`	`Connectivity`

PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue) считывает только модель, указанную ModelNumValue из текстового файла в формате PDB File и сохраняет данные в структуре MATLAB PDBStruct. Если ModelNumValue не соответствует существующему номеру режима в File, то pdbread считывает информацию о координатах всех моделей.

PDBStruct = pdbread(File,'TimeOut', TimeOutValue) устанавливает время ожидания соединения (в секундах) для считывания данных из базы данных PDB.

Поле последовательности

Sequence поле также является структурой, содержащей информацию о последовательности в следующих подполях:

NumOfResidues
ChainID
ResidueNames - содержит трехбуквенные коды для остатков последовательности.
Sequence - содержит однобуквенные коды для остатков последовательности.

Примечание

Если последовательность имеет модифицированные остатки, то ResidueNames поле может не соответствовать стандартным трехбуквенным аминокислотным кодам. В этом случае Sequence поле содержит модифицированный код остатка в положении, соответствующем модифицированному остатку. Модифицированный код остатка представлен в ModifiedResidues поле.

Поле модели

Model поле также является структурой или массивом структур, содержащих информацию о координатах. Если структура MATLAB содержит одну модель, Model - это структура, содержащая информацию о координатах для этой модели. Если структура MATLAB содержит несколько моделей, Model поле представляет собой массив структур, содержащих информацию о координатах для каждой модели. Model поле содержит следующие подполя:

Atom
AtomSD
AnisotropicTemp
AnisotropicTempSD
Terminal
HeterogenAtom

Поле «Атом»

Atom поле также является массивом структур, содержащих следующие подполя:

AtomSerNo
AtomName
altLoc
resName
chainID
resSeq
iCode
X
Y
Z
occupancy
tempFactor
segID
element
charge
AtomNameStruct - Содержит три подраздела: chemSymbol, remoteInd, и branch.

Примеры

Используйте getpdb функция извлечения информации о структуре из банка данных белка (PDB) для белка никотинового рецептора с идентификатором 1abt, а затем сохраните данные в файл в формате PDB nicotinic_receptor.pdb в текущей папке MATLAB.
```
getpdb('1abt', 'ToFile', 'nicotinic_receptor.pdb');
```
Считывание данных из nicotinic_receptor.pdb в структуру MATLAB pdbstruct.
```
pdbstruct = pdbread('nicotinic_receptor.pdb');
```
Считывать только вторую модель из nicotinic_receptor.pdb в структуру MATLAB pdbstruct_Model2.
```
pdbstruct_Model2 = pdbread('nicotinic_receptor.pdb', 'ModelNum', 2);
```

Просмотр информации об атомных координатах в полях модели обеих структур MATLAB pdbstruct и pdbstruct_Model2.

pdbstruct.Model

ans = 

1x4 struct array with fields:
    MDLSerNo
    Atom
    Terminal

pdbstruct_Model2.Model

ans = 

    MDLSerNo: 2
        Atom: [1x1205 struct]
    Terminal: [1x2 struct]

Считывание данных из URL в структуру MATLAB, gfl_pdbstruct.
```
gfl_pdbstruct = pdbread('http://www.rcsb.org/pdb/files/1gfl.pdb');
```

См. также

Представлен до R2006a

Документация