Отображение набора трасс профиля HMM
hmmprofmerge(Sequences)
hmmprofmerge(Sequences, Names)
hmmprofmerge(Sequences, Names, Scores)
Sequences | Массив последовательностей. Sequences также может быть структурированным массивом с выровненными последовательностями в поле Aligned или Sequencesи необязательные имена в поле Header или Name. |
Names | Имена последовательностей. Введите массив ячеек символьных векторов. |
Scores | Парные оценки выравнивания из функции |
hmmprofmerge( открывает веб-браузер по умолчанию и отображает набор предварительно выровненных последовательностей для профиля модели HMM. Выходной сигнал выравнивается в соответствии с состояниями HMM.Sequences)
Состояния соответствия - прописные буквы
Вставить состояния - строчные буквы или звездочки (*)
Удалить состояния - тире
Периоды (.) добавляются в позициях, соответствующих вставкам в других последовательностях. Входные последовательности должны иметь одинаковое количество состояний профиля, то есть общее количество прописных букв и тире должно быть одинаковым.
hmmprofmerge( маркирует последовательности с помощью Sequences, Names)Names.
hmmprofmerge( сортирует отображаемые последовательности с помощью Sequences, Names, Scores)Scores.
load('hmm_model_examples','model_7tm_2') %load model
load('hmm_model_examples','sequences') %load sequences
for ind =1:length(sequences)
[scores(ind),sequences(ind).Aligned] =...
hmmprofalign(model_7tm_2,sequences(ind).Sequence);
end
hmmprofmerge(sequences, scores)