hmmprofalign

Выравнивание последовательности запросов по профилю с помощью скрытой трассы модели Маркова

Синтаксис

Score = hmmprofalign(Model, Seq) [Score, Alignment] = hmmprofalign(Model, Seq) [Score, Alignment, Pointer] = hmmprofalign(Model, Seq) hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue, ...) hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue, ...) hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue, ...) hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue, ...)

Аргументы

`Model`	Скрытая модель Маркова, созданная с помощью функции `hmmprofstruct`.
`Seq`	Аминокислотная или нуклеотидная последовательность. Можно также ввести структуру с полем. `Sequence`.
`ShowScoreValue`	Управляет отображением пространства оценки и пути выигрыша. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).
`FlanksValue`	Управляет включением символов, генерируемых состояниями FLANKING INSERT, в выходную последовательность. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).
`ScoreFlanksValue`	Управляет включением вероятностей перехода для фланкирующих состояний в необработанную оценку. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).
`ScoreNullTransitionsValue`	Управляет корректировкой необработанной оценки с использованием нулевой модели для переходов (`Model.NullX`). Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Описание

Score = hmmprofalign(Model, Seq) возвращает оценку оптимального выравнивания запрашиваемой аминокислоты или нуклеотидной последовательности (Seqв профиль скрытой модели Маркова (Model). Оценки вычисляются с использованием логарифмических коэффициентов для вероятностей выбросов и логарифмических вероятностей для переходов состояний.

[Score, Alignment] = hmmprofalign(Model, Seq) также возвращает вектор символов, показывающий оптимальное выравнивание профиля.

Буквы в верхнем регистре и тире соответствуют состояниям MATCH и DELETE соответственно (комбинированный подсчет равен количеству состояний в модели). Строчные буквы выдаются состояниями INSERT. Для получения дополнительной информации о профиле HMM см. hmmprofstruct.

[Score, Alignment, Pointer] = hmmprofalign(Model, Seq) также возвращает вектор той же длины, что и модель профиля, с индексами, указывающими на соответствующие символы последовательности запросов. Нулевые указатели (NaN) означает, что такие состояния не испускали символ в выровненной последовательности, потому что они представляют переходы модели из состояния BEGIN состояния MATCH, переходы модели из состояния MATCH в состояние END или потому, что выравнивание проходило через состояния DELETE.

hmmprofalign(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования hmmprofalign с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue, ...), когда ShowScoreValue является true, отображает пространство оценки и путь выигрыша.

hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue, ...), когда FlanksValue является true, включает символы, генерируемые состояниями FLANKING INSERT в выходной последовательности.

hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue, ...), когда ScoreFlanksValue является true, включает вероятности перехода для фланкирующих состояний в необработанной оценке.

hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue, ...), когда ScoreNullTransitionsValue является true, корректирует необработанную оценку с помощью нулевой модели для переходов (Model.NullX).

Примечание

В этой реализации не поддерживается выравнивание нескольких целей. Все Model.LoopX вероятности игнорируются.

Примеры

свернуть все

Выравнивание последовательности запросов по профилю с помощью выравнивания модели HMM

Открыть сценарий в реальном времени

В этом примере показано, как выровнять последовательность запросов по профилю модели HMM с помощью выравнивания модели HMM.

Загрузить структуру профиля HMM 7 трансмембранного рецептора (семейство Secretin).

load('hmm_model_examples','model_7tm_2');

Загрузите последовательность примеров и выровняйте ее по структуре профиля с помощью трассы HMM.

load('hmm_model_examples','sequences');
humanSeq = sequences(1).Sequence;
[a,s]=hmmprofalign(model_7tm_2,humanSeq,'showscore',true)

Figure contains an axes. The axes with title log-odds score for best path contains 2 objects of type image, line.

a = 483.7231

s = 
'YILVKAIYTLGYSVS-LMSLATGSIILCLFRKLHCTRNYIHLNLFLSFILRAISVLVKDDVLYSSSgtlhcpdqpsswvgCKLSLVFLQYCIMANFFWLLVEGLYLHTLL-VA---MLPPRRCFLAYLLIGWGLPTVCIGAWTAAR------------LYLEDTGC-WDTN-DHSVPWWVIRIPILISIIVNFVLFISIIRILLQKLT----SPDVGGNDQSQYKRLAKSTLLLIPLFGVHYMVFAVFPIS----ISSKYQILFELCLGSFQGLVVAVLYCFLNSEV'

См. также

Представлен до R2006a

Документация