Сравните нуклеотидные или аминокислотные последовательности, используя парные или множественные функции выравнивания последовательностей. Стандартные алгоритмы попарного выравнивания включают Needleman-Wunsch (nwalign) и Смит-Уотерман (swalign) алгоритмы. Можно также выполнить выравнивание нескольких последовательностей с помощью различных функций, таких как multialign и profalignи визуализировать результаты выравнивания в приложении «Последовательность выравнивания». Кроме того, можно использовать скрытую модель Маркова (HMM) для выравнивания последовательности запросов по профилю HMM. Выполнение поиска BLAST по известным последовательностям в интерактивных базах данных с использованием различных программ BLAST.
| Выравнивание последовательности | Визуализация и редактирование нескольких последовательных трасс |
localalign | Возврат локальных оптимальных и неоптимальных выравниваний между двумя последовательностями |
nwalign | Глобально выровнять две последовательности с помощью алгоритма Needleman-Wunsch |
swalign | Локальное выравнивание двух последовательностей с использованием алгоритма Смита-Уотермана |
seqdotplot | Создание точечного графика из двух последовательностей |
seqpdist | Вычисление попарного расстояния между последовательностями |
seqalignviewer | Визуализация и редактирование нескольких последовательностей выравнивания |
multialign | Выравнивание нескольких последовательностей с помощью прогрессивного метода |
profalign | Выравнивание двух профилей с помощью глобального выравнивания Needleman-Wunsch |
seqconsensus | Расчет консенсусной последовательности |
seqprofile | Вычислить профиль последовательности из набора последовательностей с кратным выравниванием |
seqlogo | Логотип отображаемой последовательности для нуклеотидных или аминокислотных последовательностей |
hmmprofalign | Выравнивание последовательности запросов по профилю с помощью скрытой трассы модели Маркова |
hmmprofestimate | Оценка скрытых параметров марковской модели (HMM) профиля с помощью псевдокоунт |
hmmprofgenerate | Создание случайной последовательности на основе скрытой модели Маркова профиля (HMM) |
hmmprofmerge | Отображение набора трасс профиля HMM |
hmmprofstruct | Создание или редактирование скрытой структуры профиля модели Маркова (HMM) |
showhmmprof | Печать скрытого профиля модели Маркова (HMM) |
blastncbi | Создание удаленного идентификатора запроса отчета NCBI BLAST или ссылки на отчет NCBI BLAST |
Сравнение последовательностей с использованием алгоритмов выравнивания последовательностей
Определение сходства между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.
Просмотр и выравнивание нескольких последовательностей
Используйте приложение «Последовательное выравнивание» для визуального осмотра нескольких трасс и внесения изменений вручную.
Можно выбрать из списка методов анализа сравнение нуклеотидных или аминокислотных последовательностей с использованием попарных или множественных функций выравнивания последовательностей.
Последовательность утилит и статистики
Вы можете манипулировать и анализировать ваши последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных.
