Оценка изоэлектрической точки для аминокислотной последовательности
pI = isoelectric(SeqAA)
[pI Charge] = isoelectric(SeqAA)
isoelectric(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
isoelectric(..., 'PKVals', PKValsValue)
isoelectric(..., 'Charge', ChargeValue)
isoelectric(..., 'Chart', ChartValue)
SeqAA | Аминокислотная последовательность. Введите символьный вектор, строку или вектор целых чисел из таблицы Отображение кодов букв аминокислот в целые числа. Примеры: 'ARN' или [1 2 3]. |
PKValsValue | Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла PK, содержащего таблицу значений pK для аминокислот, которые.isoelectric использует для оценки изоэлектрической точки (pI) аминокислотной последовательности. Для примера формата PK-файла введите edit Emboss.pK в командной строке MATLAB ®. |
ChargeValue | Свойство для выбора определенного pH для оценки заряда. Введите число между 0 и 14. По умолчанию: 7.2. |
ChartValue | Управляет построением графика зависимости заряда от pH. Войти true или false. |
pI = isoelectric(SeqAA)pIдля аминокислотной последовательности с использованием следующих значений pK:
N_term 8.6 K 10.8 R 12.5 H 6.5 D 3.9 E 4.1 C 8.5 Y 10.1 C_term 3.6
Изоэлектрическая точка - это рН, при котором белок имеет чистый заряд, равный нулю.
[ возвращает расчетную изоэлектрическую точку (pI Charge] = isoelectric(SeqAA)pI) для аминокислотной последовательности и расчетного заряда для данного pH (по умолчанию - типичный внутриклеточный pH 7.2).
Оценки искажены лежащими в основе предположениями о том, что все аминокислоты полностью подвергаются воздействию растворителя, что соседние пептиды не оказывают влияния на pK любой данной аминокислоты и что конститутивные аминокислоты, а также N- и C-концы немодифицированы. Цистеиновые остатки, участвующие в дисульфидных мостах, также влияют на истинный pI и не рассматриваются здесь. По умолчанию isoelectric использует таблицу pK аминокислот EMBOSS, или можно заменить другие значения с помощью свойства PKVals.
Если последовательность содержит неоднозначные аминокислотные символы (b z * -), isoelectric игнорирует символы и выводит предупреждающее сообщение.
Warning: Symbols other than the standard 20 amino acids appear in the sequence.
Если последовательность содержит неопределенные аминокислотные символы (i j o) , isoelectric игнорирует символы и выводит предупреждающее сообщение.
Warning: Sequence contains unknown characters. These will be ignored.
isoelectric(..., ' определяет дополнительные свойства, используя пары имя/значение свойства.PropertyName', PropertyValue,...)
isoelectric(..., 'PKVals', использует значения pK, хранящиеся в PKValsValue)PKValValues, PK-файл, чтобы оценить изоэлектрическую точку (pI) аминокислотной последовательности. Для примера формата PK-файла введите edit Emboss.pK в командной строке MATLAB.
isoelectric(..., 'Charge', возвращает оценочный заряд последовательности для данного pH (ChargeValue)ChargeValue).
isoelectric(..., 'Chart', когда ChartValue)ChartValue является true, возвращает график зависимости заряда белка от pH растворителя.
% Get a sequence from PDB.
pdbSeq = getpdb('1CIV', 'SequenceOnly', true)
% Estimate its isoelectric point.
isoelectric(pdbSeq)
% Plot the charge against the pH for a short polypeptide sequence.
isoelectric('PQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGGWGQGGSHSQG', 'CHART', true)
% Get the Rh blood group D antigen from NCBI and calculate
% its charge at pH 7.3 (typical blood pH).
gpSeq = getgenpept('AAB39602')
[pI Charge] = isoelectric(gpSeq, 'Charge', 7.38)