Преобразование аминокислотной последовательности из буквенного в целочисленное представление
SeqInt = aa2int(SeqChar)
SeqChar | Одно из следующих:
|
SeqInt | Аминокислотная последовательность, определенная вектором ряда целых чисел. |
SeqInt = aa2int(SeqChar)SeqChar, символьный вектор или строка, содержащая однобуквенные коды, определяющие аминокислотную последовательность, SeqInt, вектор ряда целых чисел, указывающий одну и ту же аминокислотную последовательность. Допустимые буквенные коды см. в таблице Отображение аминокислотных буквенных кодов на целые числа.
Отображение кодов букв аминокислот на целые числа
| Аминокислота | Кодекс | Целое число |
|---|---|---|
| Аланин | A | 1 |
| Аргинин | R | 2 |
| Аспарагин | N | 3 |
| Аспарагиновая кислота (аспартат) | D | 4 |
| Цистеин | C | 5 |
| Глютамин | Q | 6 |
| Глутаминовая кислота (глутамат) | E | 7 |
| Глицин | G | 8 |
| Гистидин | H | 9 |
| Изолейцин | I | 10 |
| Лейцин | L | 11 |
| Лизин | K | 12 |
| Метионин | M | 13 |
| Фенилаланин | F | 14 |
| Пролин | P | 15 |
| Серин | S | 16 |
| Треонин | T | 17 |
| Триптофан | W | 18 |
| Тирозин | Y | 19 |
| Валин | V | 20 |
| Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат) | B | 21 |
| Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат) | Z | 22 |
| Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | X | 23 |
| Остановка перевода | * | 24 |
| Разрыв неопределенной длины | - | 25 |
| Неизвестный символ (любой символ или символ, отсутствующий в таблице) | ? | 0 |
aminolookup | int2aa | int2nt | nt2int