Exponenta Banner
exponenta event banner

aacount

Подсчет аминокислот в последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

AAStruct = aacount(SeqAA)
AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Gaps', GapsValue, ...)
AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Chart', ChartValue, ...)

Входные аргументы

SeqAA

Одно из следующих:

Примеры: 'ARN' или [1 2 3]

AmbiguousValue

Символьный вектор или строка, указывающая, как обращаться с неоднозначными аминокислотными символами (B, Z, или X). Возможны следующие варианты:

  • 'ignore' (по умолчанию) - пропускает неоднозначные символы

  • 'bundle' - Подсчитывает неоднозначные символы и сообщает общее количество в Ambiguous поле.

  • 'prorate' - подсчитывает неоднозначные символы и пропорционально распределяет их в соответствующих полях. Например, количество символов B распределены равномерно между D и N поля.

  • 'individual' - подсчитывает неоднозначные символы и сообщает их в отдельных полях.

  • 'warn' - пропускает символы неоднозначных символов и выводит предупреждение.

GapsValue

Указывает, должны ли разрывы указываться дефисом (-), подсчитываются или игнорируются. Варианты: true или false (по умолчанию).

ChartValue Символьный вектор или строка, указывающая тип диаграммы. Варианты: 'pie' или 'bar'.

Выходные аргументы

AAStructСтруктура MATLAB 1-на-1, содержащая поля для стандартных 20 аминокислот (A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, и V).

Описание

AAStruct = aacount(SeqAA) подсчитывает количество аминокислот каждого типа в SeqAA, аминокислотная последовательность и возвращает количество в AAStructструктура MATLAB 1 на 1, содержащая поля для стандартных 20 аминокислот (A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, и V).

  • Неоднозначные аминокислотные символы (B, Z, или X), зазоры, обозначенные дефисом (-) и концевые терминаторы (*) игнорируются по умолчанию.

  • Нераспознанные символы игнорируются и вызывают следующее предупреждение.

    Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.

AAStruct = aacount(SeqAA, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования aacount с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...) определяет способ обработки неоднозначных аминокислотных символов (B, Z, или X). Возможны следующие варианты:

  • 'ignore' (по умолчанию)

  • 'bundle'

  • 'prorate'

  • 'individual'

  • 'warn'

AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Gaps', GapsValue, ...) указывает, должны ли разрывы указываться дефисом (-), подсчитываются или игнорируются. Варианты: true или false (по умолчанию).

AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Chart', ChartValue, ...) создает диаграмму, показывающую относительные пропорции аминокислот. ChartValue может быть 'pie' или 'bar'.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Используйте fastaread функция для загрузки последовательности опухолевого белка p53 человека.

p53 = fastaread('p53aa.txt')
p53 = struct with fields:
      Header: 'gi|8400738|ref|NP_000537.2| tumor protein p53 [Homo sapiens]'
    Sequence: 'MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDSD'

Подсчитайте аминокислоты в последовательности и отобразите результаты на круговой диаграмме.

count = aacount(p53,'Chart','pie');

См. также

| | | | | | | | |

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка