Считывание данных масс-спектрометрии из файла netCDF
mzCDFStruct = mzcdfread(File)
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'TimeRange', TimeRangeValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'Verbose', VerboseValue, ...)
File | Символьный вектор или строка, содержащая имя файла или путь и имя файла netCDF, который содержит данные масс-спектрометрии и соответствует стандартной спецификации ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) или более ранним спецификациям. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке. |
TimeRangeValue | Двухэлементный числовой массив Совет Единицы времени указываются в глобальных атрибутах netCDF. Для получения сводной информации о временных диапазонах в файле netCDF используйте Примечание Если указать |
ScanIndicesValue | Положительное целое число, вектор целых чисел или двухэлементный числовой массив Совет Для получения информации об индексах сканирования в файле netCDF см. Примечание Если указать |
VerboseValue | Управляет отображением хода чтения |
mzCDFStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию масс-спектрометрии из файла netCDF. Его поля соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле netCDF. Если переменная netCDF содержит локальные атрибуты, создается дополнительное поле, имя которого является именем переменной, добавляемым к |
mzCDFStruct = mzcdfread(File)File, а затем создает структуру MATLAB, mzCDFStruct.
File - символьный вектор или строка, содержащая имя файла или путь и имя файла netCDF, содержащего данные масс-спектрометрии. Файл должен соответствовать стандарту ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) или более ранним спецификациям.
mzCDFStruct содержит поля, соответствующие переменным и глобальным атрибутам в файле netCDF. Если переменная netCDF содержит локальные атрибуты, создается дополнительное поле, имя которого является именем переменной, добавляемым к _attributes. Количество и названия полей будут варьироваться в зависимости от программного обеспечения масс-спектрометра, но обычно существуют mass_values и intensity_values поля.
Совет
Анализ данных LC/MS требует больших объемов памяти от операционной системы.
При получении ошибок, связанных с памятью, попробуйте выполнить следующие действия:
Увеличьте объем виртуальной памяти (пространства подкачки) для операционной системы, как описано в разделе Устранение ошибок «Недостаточно памяти».
При получении ошибок, связанных с пространством кучи Java ®, увеличьте пространство кучи Java:
Если используется MATLAB версии 7.10 (R2010a) или более поздней, см. раздел Настройки кучной памяти Java.
Если используется MATLAB версии 7.9 (R2009b) или более ранней, см. раздел https://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-18I2C/.
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)mzcdfread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
определяет диапазон времени в mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'TimeRange', TimeRangeValue, ...)File для чтения. TimeRangeValue - двухэлементный числовой массив [Start End]. Значение по умолчанию - считывать спектры из всех времен [0 Inf].
Совет
Единицы времени указываются в глобальных атрибутах netCDF. Для получения сводной информации о временных диапазонах в файле netCDF используйте mzcdfinfo функция.
Примечание
Если указать TimeRangeValue, вы не можете указать ScanIndicesValue.
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...)File для чтения. ScanIndicesValue - положительное целое число, вектор целых чисел или двухэлементный числовой массив; [Start_Ind End_Ind]. Start_Ind и End_Ind - каждое положительное целое число, указывающее номер индекса сканирования. Start_Ind должно быть меньше, чем End_Ind. По умолчанию выполняется чтение всех сканирований.
Совет
Для получения информации об индексах сканирования в файле netCDF см. NumberOfScans поле в структуре, возвращенное mzcdfinfo функция.
Примечание
Если указать ScanIndicesValue, нельзя указать TimeRangeValue.
mzCDFStruct = mzcdfread(File, ...'Verbose', VerboseValue, ...)File. Варианты: true (по умолчанию) или false.
В следующем примере файл results.cdf не предоставляется.
Считывайте файл netCDF в программное обеспечение MATLAB в виде структуры.
out = mzcdfread('results.cdf');
Просмотрите второе сканирование в файле netCDF, создав отдельные переменные, содержащие значения интенсивности и m/z, а затем выведя эти значения на график. Добавьте заголовок и метки оси X и Y, используя поля в структуре вывода.
idx1 = out.scan_index(2)+1;
idx2 = out.scan_index(3);
y = out.intensity_values(idx1:idx2);
z = out.mass_values(idx1:idx2);
stem(z,y,'marker','none')
title(sprintf('Time: %f',out.scan_acquisition_time(2)))
xlabel(out.mass_axis_units)
ylabel(out.intensity_axis_units)
jcampread | mzcdf2peaks | mzcdfinfo | mzxmlread | tgspcread