Exponenta Banner
exponenta event banner

mzxmlread

Считывание данных из файла mzXML

свернуть все на странице

Синтаксис

mzXMLStruct = mzxmlread (myFile)
mzXMLStruct = mzxmlread (myFile, имя, значение)

Описание

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile) возвращает структуру MATLAB ® ,mzXMLStruct, из файла mzXML, myFile.

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile,Name,Value) считывает файл mzXML, myFile, а затем возвращает структуру MATLAB, mzXMLStruct, используя дополнительные параметры, указанные одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

Примеры

свернуть все

В этом примере файл results_1.mzxml не предоставляется. Примеры файлов mzXML можно найти по адресу:

Считывание файла mzXML в структуру MATLAB.

out = mzxmlread('results_1.mzxml')
out = 

     scan: [2000x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Просмотр первого сканирования в файле mzXML путем создания отдельных переменных, содержащих отношение массы к заряду (mz_ratio) и интенсивность (Y) значения соответственно. Затем постройте график этих значений.

mz_ratio = out.scan(1).peaks.mz(1:2:end); 
Y = out.scan(1).peaks.mz(2:2:end); 
stem(mz_ratio,Y,'marker','none')

В этом примере файл results_2.mzxml не предоставляется. Примеры файлов mzXML можно найти по адресу:

Считывайте файл mzXML в структуру MATLAB, извлекая сканирование с индексом 1000.

out1 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',1000)
out1 = 

     scan: [1x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считывание файла mzXML в структуру MATLAB, извлечение нескольких сканирований по индексам 1000, 1500 и 2000.

out2 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000 1500 2000])
out2 = 

     scan: [3x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считывайте файл mzXML в структуру MATLAB, извлекая диапазон сканирований из индексов 1000 в 2000.

out3 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000:2000])
out3 = 

    scan: [1001x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Входные аргументы

свернуть все

Входной файл, указанный как символьный вектор или строка, содержащая имя файла mzXML. Файл должен соответствовать спецификациям mzXML 2.1 или более ранних версий. Вы можете прочитать спецификацию mzXML 2.1 здесь:

http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1/Doc/mzXML_2.1_tutorial.pdf

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'TimeRange',[5.0 10.0],'Verbose',true

Уровни спектров, определенные как положительное целое число или вектор целых чисел, указывающий, из каких сканирований извлекать сканы myFile. По умолчанию mzxmlread считывает все уровни спектров.

Для получения сводной информации об уровнях спектров в файле mzXML используйте mzxmlinfo функция.

При использовании 'Levels' аргумент пары имя-значение, то использовать нельзя 'ScanIndices'.

Пример: 'Levels',5

Диапазон времени, заданный как двухэлементный числовой массив, например [Start End] указание, из каких сканирований извлекать myFile. Start и End скалярные значения должны быть между startTime и endTime атрибуты msRun элемент в myFile. Start скалярное значение должно быть меньше End. По умолчанию mzxmlread считывает все сканы.

Для получения сводной информации о временных диапазонах в файле mzXML используйте mzxmlinfo функция.

Если используется 'TimeRange' аргумент пары имя-значение, то использовать нельзя 'ScanIndices'.

Пример: 'TimeRange',[5.1 10.2]

Индексы сканирования, указанные как положительное целое число или вектор положительных целых чисел, указывающие, из каких сканирований извлекать myFile. Используйте целое число, чтобы указать одно сканирование, или вектор целых чисел, чтобы указать несколько сканирований. По умолчанию mzxmlread считывает все сканы.

Для получения сводной информации о временных диапазонах в файле mzXML используйте mzxmlinfo функция.

При использовании 'ScanIndices' аргумент пары имя-значение, то использовать нельзя 'Levels' или 'TimeRange'.

Пример: 'ScanIndices',7000

Подробный режим, указанный как true (1), или false (0). Когда 'Verbose' имеет значение true, mzxmlread отображает ход выполнения во время чтения myFile.

Пример: 'Verbose',false

Выходные аргументы

свернуть все

Структура из файла mzXML, возвращенная как структура MATLAB. mzXMLStruct имеет следующие поля:

ОбластьОписание
scanСтруктурный массив, содержащий данные, относящиеся к каждому отдельному сканированию, такие как уровень масс-спектрометрии, суммарный ионный ток, полярность, масса предшественника (когда это применимо) и данные спектра.
indexСтруктура, содержащая индексы для позиций элементов сканирования в XML-документе.
mzXML

Структура, содержащая все следующие элементы:

  • Информация в корневом элементе схемы mzXML, например, сведения об инструменте, сведения об эксперименте и методы предварительной обработки

  • URL-адреса, указывающие на схемы для каждого сканирования

  • Подход к индексированию

  • Цифровая подпись, рассчитанная для текущего экземпляра документа

Совет

Анализ данных LC/MS требует больших объемов памяти от операционной системы.

См. также

| | | |

Представлен в R2006b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка