mzcdf2peaks

Преобразование структуры mzCDF в список пиковых значений

Синтаксис

[Peaklist, Times] = mzcdf2peaks(mzCDFStruct)

Входные аргументы

mzCDFStruct

Структура MATLAB ®, содержащая информацию из файла netCDF, например, созданную mzcdfread функция. Его поля соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле netCDF. Если переменная netCDF содержит локальные атрибуты, создается дополнительное поле, имя которого является именем переменной, добавляемым к _attributes. Количество и названия полей будут варьироваться в зависимости от программного обеспечения масс-спектрометра, но обычно существуют mass_values и intensity_values поля.

Выходные аргументы

Peaklist

Одно из следующих действий:

Матрица из двух столбцов, где первый столбец содержит значения массы/заряда (m/z), а второй столбец содержит значения интенсивности ионов.
Массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей из двух столбцов значений m/z и значений интенсивности ионов, и каждый элемент соответствует спектру или времени удержания.

Times

Скаляр вектора времени удерживания, связанный с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS). Если Times - вектор, число элементов равно количеству пиковых списков, содержащихся в Peaklist.

Описание

[Peaklist, Times] = mzcdf2peaks(mzCDFStruct) извлекает пиковую информацию из mzCDFStruct, структура MATLAB, содержащая информацию из файла netCDF, например, созданную mzcdfread функция и создает Peaklist, одну матрицу или массив ячеек матриц, содержащих значения массы/заряда (m/z) и значения интенсивности ионов, и Timesскаляр или вектор времени удерживания, связанный с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS).

mzCDFStruct содержит поля, соответствующие переменным и глобальным атрибутам в файле netCDF. Если переменная netCDF содержит локальные атрибуты, создается дополнительное поле, имя которого является именем переменной, добавляемым к _attributes. Количество и названия полей будут варьироваться в зависимости от программного обеспечения масс-спектрометра, но обычно существуют mass_values и intensity_values поля.

Примеры

В следующем примере файл results.cdf не предоставляется.

Используйте mzcdfread функция для чтения файла netCDF в программное обеспечение MATLAB в виде структуры. Затем извлеките пиковую информацию из структуры.
```
mzcdf_struct = mzcdfread('results.cdf');
[peaks,time] = mzcdf2peaks(mzcdf_struct)

peaks = 

    [7008x2 single]
    [7008x2 single]
    [7008x2 single]
    [7008x2 single]

time =

    8.3430
   12.6130
   16.8830
   21.1530
```
Создайте цветовую карту, содержащую цвет для каждого списка пиков (время хранения).
```
colors = hsv(numel(peaks));
```

Создайте 3-D фигуру пиков и добавьте к ней метки.

figure
hold on

for i = 1:numel(peaks)
    t = repmat(time(i),size(peaks{i},1),1);
    plot3(t,peaks{i}(:,1),peaks{i}(:,2),'color',colors(i,:))
end

view(70,60)
xlabel('Time')
ylabel(mzcdf_struct.mass_axis_label)
zlabel(mzcdf_struct.intensity_axis_label)

См. также

msdotplot | mspalign | msppresample | mzcdfread

Представлен в R2008b

Документация