mzxml2peaks

Преобразование структуры mzXML в список пиковых значений

Синтаксис

[Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct) [Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue)

Входные аргументы

mzXMLStruct

Структура MATLAB ®, содержащая информацию из файла mzXML, например, созданную mzxmlread функция. Она включает поля, показанные в таблице ниже.

LevelsValue

Положительное целое число или вектор целых чисел, указывающий уровень (ы) спектров вmzXMLStruct для преобразования, предполагая, что спектры получены из тандемных наборов данных MS. По умолчанию: 1, который преобразует только спектры первого уровня, то есть спектры, содержащие ионы-предшественники. Настройка LevelsValue кому 2 преобразует только спектры второго уровня, которые являются спектрами фрагментов (созданными из иона-предшественника).

Выходные аргументы

Peaklist

Одно из следующих действий:

Матрица из двух столбцов, где первый столбец содержит значения массы/заряда (m/z), а второй столбец содержит значения интенсивности ионов.
Массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей из двух столбцов значений m/z и значений интенсивности ионов, и каждый элемент соответствует спектру или времени удержания.

Times Вектор времени удерживания, связанный с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (ЖХ/МС) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (ГХ/МС). Количество элементов в Times равно количеству элементов в Peaklist.

Описание

[Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct) извлекает пиковую информацию из mzXMLStruct, структура MATLAB, содержащая информацию из файла mzXML, например, созданную mzxmlread функция и создает Peaklistмассив ячеек матриц, содержащих значения массы/заряда (m/z) и значения интенсивности ионов, и Timesвектор времени удерживания, связанный с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (ЖХ/МС) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (ГХ/МС). mzXMLStruct включает следующие поля:

Область	Описание
`scan`	Структурный массив, содержащий данные, относящиеся к каждому отдельному сканированию, такие как уровень масс-спектрометрии, суммарный ионный ток, полярность, масса предшественника (когда это применимо) и данные спектра.
`index`	Структура, содержащая индексы для позиций элементов сканирования в XML-документе.
`mzXML`	Структура, содержащая: Информация в корневом элементе схемы mzXML, например, сведения об инструменте, сведения об эксперименте и метод предварительной обработки URL-адреса, указывающие на схемы для отдельных сканирований Подход к индексированию Цифровая подпись, рассчитанная для текущего экземпляра документа

[Peaklist, Times] = mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue) определяет уровень (ы) спектров вmzXMLStruct для преобразования, предполагая, что спектры получены из тандемных наборов данных MS. По умолчанию: 1, который преобразует только спектры первого уровня, то есть спектры, содержащие ионы-предшественники. Настройка LevelsValue кому 2 преобразует только спектры второго уровня, которые являются спектрами фрагментов (созданными из иона-предшественника).

Примеры

Примечание

В следующем примере файл results.mzxml не предоставляется. Примеры файлов mzXML можно найти по адресу:

Используйте mzxmlread функция для считывания файла mzXML в программное обеспечение MATLAB в виде структуры. Затем извлеките из структуры информацию о пике только ионов первого уровня.
```
mzxml_struct = mzxmlread('results.mzxml');
[peaks,time] = mzxml2peaks(mzxml_struct);
```
Создайте точечный график данных LC/MS.
```
msdotplot(peaks,time)
```

См. также

msdotplot | mspalign | msppresample | mzxmlread

Представлен в R2007a

Документация