Применение линейного преобразования к 3-D структуре молекулы
pdbtransform(PDB, Transf)
PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf)
... = pdbtransform(..., 'ModelNum', ModelNumValue, ...)
... = pdbtransform(..., 'Segment', SegmentValue, ...)
PDB | Белковая структура, представленная любым из следующих:
|
Transf | Структура MATLAB, представляющая линейное преобразование, которое применяется к координатам молекулы, представленной PDB. Transf содержит следующие поля:
Совет Вы можете использовать |
ModelNumValue | Положительное целое число, указывающее модель, к которой применяется преобразование, когда |
SegmentValue | Определяет степень применения линейного преобразования.
|
PDBTX | Преобразованная структура MATLAB в формате PDB. |
pdbtransform( применяет линейное преобразование, указанное в PDB, Transf)Transf, структура MATLAB, представляющая линейное преобразование, к координатам молекулы, представленной PDB, которая может быть любой из следующих:
Символьный вектор или строка, указывающая уникальный идентификатор для записи структуры белка в базе данных PDB.
Переменная, содержащая структуру MATLAB в формате PDB, например, getpdb или pdbread.
Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла. Файл, на который имеется ссылка, является файлом в формате PDB. Если указано только имя файла, этот файл должен находиться в пути поиска MATLAB или в текущей папке MATLAB.
PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf)PDBTXпреобразованная структура MATLAB в формате PDB.
... = pdbtransform(...' требования PropertyName', PropertyValue, ...)pdbtransform с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
определяет модель, к которой следует применить преобразование, когда ... = pdbtransform(..., 'ModelNum', ModelNumValue, ...)PDB содержит несколько моделей. ModelNumValue является положительным целым числом. По умолчанию рассматривается первая модель.
... = pdbtransform(..., 'Segment', SegmentValue, ...)SegmentValue может быть либо:
'all' - Преобразование применяется ко всему входу PDB.
Символьный вектор или строка, задающая границы и рассматриваемую цепь. Он использует любой из следующих форматов: 'start-stop:chain' или 'chain'. Отсутствие границ указывает на всю цепочку.
Создайте структуру MATLAB, определяющую линейное преобразование.
transf.T = eye(3); transf.b = 1; transf.c = [11.8 -2.8 -32.3];
Примените линейное преобразование к цепи B в структуре тиоредоксина с идентификатором PDB 2trx.
pdbtx = pdbtransform('2trx', transf, 'segment', 'B');
getpdb | molviewer | pdbread | pdbsuperpose | procrustes