Отображение и управление структурой 3-D молекулы
molviewer
molviewer(File)
molviewer(pdbID)
molviewer(pdbStruct)
FigureHandle = molviewer(...)
File | Символьный вектор или строка, задающая одно из следующих значений:
Файл, на который имеется ссылка, является файлом модели молекулы, таким как файл с форматом банка данных белка (PDB) (текстовый файл ASCII). Допустимые типы файлов:
|
pdbID | Символьный вектор или строка, указывающая уникальный идентификатор для записи структуры белка в базе данных PDB. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена четырехсимвольным буквенно-цифровым идентификатором. Например, |
pdbStruct | Структура, содержащая поле для каждой записи PDB, например, возвращаемая getpdb или pdbread функция. |
FigureHandle | Ручка рисунка для просмотра молекул. |
molviewer открывает приложение «Просмотр молекул». Можно отобразить 3-D молекулярные структуры, выбрав меню «Файл» > «Открыть», «Файл» > «Загрузить идентификатор PDB» или «Файл» > «Открыть URL».
molviewer( считывает данные в файле модели молекулы, File)Fileи открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.
molviewer( извлекает структурные данные белка, pdbID)pdbID, из базы данных PDB и открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.
molviewer( считывает данные из pdbStruct)pdbStructструктура, содержащая поле для каждой записи PDB, и открывает приложение Molecule Viewer, отображающее 3-D молекулярную структуру для просмотра и манипуляции.
FigureHandle = molviewer(...)
Совет
Вы можете пройти FigureHandle в evalrasmolscript , которая отправляет команды сценария RasMol в окно просмотра молекул.
Совет
При получении ошибок, связанных с памятью или пространством кучи Java ®, попробуйте увеличить пространство кучи Java, как описано в разделе https://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-18I2C /.
После отображения структуры молекулы 3-D можно:
Наведите указатель мыши на подкомпонент молекулы, чтобы отобразить идентификационную метку для него.
Вращайте и вращайте молекулу под разными углами, перетаскивая ее щелчком мыши.
Спрядите молекулу в плоскости x-z щелчком мыши.
Вращайте молекулу в плоскости x-y, нажимая и удерживая клавишу Shift, затем перетаскивая мышью влево и вправо.
Увеличьте изображение бесступенчатым образом, нажав и удерживая клавишу Shift, а затем перетаскивая мышью вверх и вниз.
Увеличьте масштаб пошагово, щелкнув рисунок, затем повернув колесо прокрутки мыши или нажав следующие кнопки:
или 
Переместите молекулу, удерживая нажатой клавиши Ctrl + Alt, а затем перетаскивая мышью.
Измените цвет фона между черным и белым цветом, щелкнув значок.
Сбросьте положение молекулы щелчком мыши.
Показать или скрыть панель управления, щелкнув значок.
Управляйте структурой 3-D и аннотируйте ее, выбирая опции на панели управления или, для получения полного списка опций, щелкнув правой кнопкой мыши окно «Просмотр молекул», чтобы выбрать команды:
Откройте консоль сценариев Jmol, щелкнув значок.
Примечание
Существует известная ошибка с кнопкой «Открыть» редактора сценариев, которая предотвращает загрузку сценария Rasmol в интерактивном режиме. Вместо этого используйте evalrasmolscript функция, которая отправляет команды сценария RasMol в приложение Molecule Viewer. Кроме того, можно скопировать и вставить команды сценария в консоль сценария.
Просмотрите молекулу ацетилсалициловой кислоты (аспирина), структурная информация которой содержится в файле молекул Elsevier MDL aspirin.mol.
molviewer('aspirin.mol')Просмотрите молекулу гемагглютинина вируса гриппа H5N1, структурная информация о котором находится по адресу www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz.
molviewer('http://www.rcsb.org/pdb/files/2FK0.pdb.gz') Просмотр молекулы с идентификатором PDB 2DHB.
molviewer('2DHB')Просмотр молекулы с идентификатором PDB 4hhbи создайте маркер перемещения фигуры для средства просмотра молекул.
FH = molviewer('4hhb')Используйте getpdb функция для извлечения данных о структуре белка из базы данных PDB и создания структуры MATLAB. Затем просмотрите молекулу белка.
pdbstruct = getpdb('1vqx')
molviewer(pdbstruct) evalrasmolscript | getpdb | pdbread | pdbsuperpose | pdbtransform | pdbwrite