Запись в файл с использованием формата банка данных белка (PDB)
pdbwrite(File, PDBStruct)
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)
File | Символьный вектор или строка, указывающая либо имя файла, либо путь и имя файла для сохранения данных в формате PDB. Если указано только имя файла, файл сохраняется в текущей папке MATLAB ® . Совет После сохранения структуры MATLAB в локальный файл в формате PDB можно использовать |
PDBStruct | Структура MATLAB 3-D содержащая данные координат структуры белка, первоначально созданная с использованием getpdb или pdbread функции.Примечание Можно изменить эту структуру, чтобы изменить ее 3-D данные о структуре белка. Информация о координатах хранится в |
PDBArray | Символьный массив, в котором каждая строка соответствует строке в записи PDB. |
pdbwrite( записывает содержимое структуры MATLAB File, PDBStruct)PDBStruct к файлу в формате PDB (текстовый файл ASCII), путь к которому и имя файла определяются File. В выходном файле File, порядковые номера атомов сохранены. Атомные записи координат упорядочены по серийным номерам их атомов.
Совет
После сохранения структуры MATLAB в локальный файл в формате PDB можно использовать molviewer для отображения и управления 3-D изображением структуры.
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)PDBStructКому PDBArrayсимвольный массив, в котором каждая строка соответствует строке в записи PDB.
Примечание
Можно редактировать PDBStruct для изменения его 3-D данных о структуре белка. Информация о координатах хранится в Model поле PDBStruct.
Используйте getpdb функция извлечения информации о структуре из банка данных белка (PDB) для зеленого флуоресцентного белка с идентификатором 1GFL и сохранить данные в структуре MATLAB gflstruct.
gflstruct = getpdb('1GFL');Найти x-координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X ans = -14.0930
Изменить x-координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X = -18;
Примечание
Не добавлять и не удалять Atom поля, потому что pdbwrite функция не позволяет изменять число элементов в структуре.
Запись измененной структуры MATLAB gflstruct в новый файл в формате PDB modified_gfl.pdb в Work папка на вашем C привод.
pdbwrite('c:\work\modified_gfl.pdb', gflstruct);Используйте pdbread для считывания измененного файла PDB в структуру MATLAB, затем подтвердите, что x-координата первого атома изменилась.
modified_gflstruct = pdbread('c:\work\modified_gfl.pdb')
modified_gflstruct.Model.Atom(1).X
ans =
-18