Считывание данных из файла в формате PFAM HMM
HMMStruct = pfamhmmread(File)
HMMStruct = pfamhmmread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
File | Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла, URL-адрес, указывающий на файл, или текст файла в формате PFAM-HMM. Файл, на который имеется ссылка, является файлом в формате ЧММ PFAM. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке. Совет Вы можете использовать |
TimeOutValue | Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь. |
HMMStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию из файла в формате PFAM HMM. |
Примечание
pfamhmmread считывает форматированные файлы PFAM-HMM из версии формата файла HMMER2.0 в HMMER3/f.
HMMStruct = pfamhmmread(File)File, файл в формате HMM PFAM и преобразует его в HMMStruct, структура MATLAB, содержащая следующие поля, соответствующие параметрам профиля HMM:
| Область | Описание |
|---|---|
Name | Имя семейства белков (уникальный идентификатор) записи профиля HMM в базе данных PFAM. |
PfamAccessionNumber | Номер присоединения семейства белков к записи профиля HMM в базе данных PFAM. |
ModelDescription | Описание профиля HMM. |
ModelLength | Длина профиля (количество состояний MATCH). |
Alphabet | Алфавит, используемый в модели, 'AA' или 'NT'. Примечание
|
MatchEmission | Вероятности испускания символов в состояниях MATCH. Формат является матрицей размера |
InsertEmission | Вероятности испускания символов в состоянии INSERT. Формат является матрицей размера |
NullEmission | Вероятности испускания символов в состояниях MATCH и INSERT для модели NULL. Формат - 1-by- Примечание Вероятности NULL также известны как фоновые вероятности. |
BeginX | Вероятности перехода состояния BEGIN. Формат - это 1-по- [B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend] |
MatchX | Вероятности перехода состояния MATCH. Формат - это 4-по- [M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend; M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1]; M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend; M1->E M2->E ... M[end-1]->E ] |
InsertX | Вероятность перехода состояния INSERT. Формат - 2-по- [ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend; I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ] |
DeleteX | Вероятность перехода состояния DELETE. Формат - 2-по- [ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ; D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ] |
FlankingInsertX | Фланцевые вставки (N и C), используемые для выравнивания профиля LOCAL. Формат - это матрица 2 на 2: [N->B C->T ; N->N C->C] |
LoopX | Вероятности перехода состояний цикла, используемые для выравнивания множественных попаданий. Формат - это матрица 2 на 2: [E->C J->B ; E->J J->J] |
NullX | Нулевые вероятности перехода, используемые для обеспечения оценок со значениями логарифмических шансов, также для переходов состояний. Формат - это вектор столбца 2 на 1: [G->F ; G->G] |
HMMStruct = pfamhmmread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
Дополнительные сведения о моделях профилей HMM см. в разделе Модель профиля HMM.
Считывайте локально сохраненный файл в формате PFAM HMM в структуру MATLAB.
pfamhmmread('pf00002.ls')
ans =
Name: '7tm_2'
PfamAccessionNumber: 'PF00002.15'
ModelDescription: '7 transmembrane receptor (Secretin family)'
ModelLength: 293
Alphabet: 'AA'
MatchEmission: [293x20 double]
InsertEmission: [293x20 double]
NullEmission: [1x20 double]
BeginX: [294x1 double]
MatchX: [292x4 double]
InsertX: [292x2 double]
DeleteX: [292x2 double]
FlankingInsertX: [2x2 double]
LoopX: [2x2 double]
NullX: [2x1 double]gethmmalignment | gethmmprof | hmmprofalign | hmmprofstruct | showhmmprof