showhmmprof

Печать скрытого профиля модели Маркова (HMM)

Синтаксис

showhmmprof(Model) showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...) showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...)

Аргументы

`Model`	Скрытая модель Маркова, созданная функцией `gethmmprof` или `pfamhmmread`.
`ScaleValue`	Свойство для выбора шкалы вероятности. Введите одно из следующих значений: `'logprob'` - Логарифмические вероятности `'prob'` - Вероятности `'logodds'` - Логарифмические нечетные отношения
`OrderValue`	Свойство для указания порядка аминокислотного алфавита. Введите символьный вектор или строку с 20 стандартными аминокислотными символами `A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V`. Неоднозначные символы `B Z X` не допускаются.

Описание

showhmmprof(Model) строит график скрытой модели Маркова профиля, описанной структурой Model.

showhmmprof(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования showhmmprof с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...) задает используемый масштаб. Если вероятности журнала (ScaleValue='logprob'), вероятности (ScaleValue='prob') или логарифмические нечетные отношения (ScaleValue='logodds'). Для вычисления логарифмических нечетных соотношений нулевые вероятности модели используются для излучения символов, а одинаково распределенные переходы используются для нулевых вероятностей перехода. Дефолт ScaleValue является 'logprob'.

showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...) определяет порядок расположения символов вдоль вертикальной оси. Этот параметр позволяет изменить порядок алфавита и сгруппировать символы в соответствии с их свойствами.

Примеры

Загрузите пример модели.
```
model = pfamhmmread('pf00002.ls');
```
Постройте график профиля.
```
showhmmprof(model, 'Scale', 'logodds')
```
Упорядочить алфавит по гидрофобности.
```
hydrophobic = 'IVLFCMAGTSWYPHNDQEKR';
```
Постройте график профиля.
```
showhmmprof(model, 'Order', hydrophobic)
```

См. также

Представлен до R2006a

Документация