randseq

Генерировать случайную последовательность из конечного алфавита

Синтаксис

Seq = randseq(SeqLength) Seq = randseq(SeqLength, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...) Seq = randseq(SeqLength, ...'Weights', WeightsValue, ...) Seq = randseq(SeqLength, ...'FromStructure', FromStructureValue, ...) Seq = randseq(SeqLength, ...'Case', CaseValue, ...) Seq = randseq(SeqLength, ...'DataType', DataTypeValue, ...)

Аргументы

`SeqLength`	Целое число, которое определяет число нуклеотидов или аминокислот в случайной последовательности.
`AlphabetValue`	Символьный вектор или строка, указывающая алфавит последовательности. Варианты: `'dna'`(по умолчанию), `'rna'`, или `'amino'`.
`WeightsValue`	Свойство для указания взвешенной случайной последовательности.
`FromStructureValue`	Свойство для задания взвешенной случайной последовательности с использованием структур вывода из функций из `basecount`, `dimercount`, `codoncount`, или `aacount`.
`CaseValue`	Символьный вектор или строка, указывающая регистр букв в последовательности, когда `Alphabet` является `'char'`. Варианты:`'upper'` (по умолчанию) или `'lower'`.
`DataTypeValue`	Символьный вектор или строка, указывающая тип данных для последовательности. Варианты: `'char'`(по умолчанию) для буквенных последовательностей, и `'uint8'` или `'double'` для числовых последовательностей. Создает последовательность в виде массива `DataType`.

Описание

Seq = randseq(SeqLength) создает случайную последовательность с длиной, указанной SeqLength.

Seq = randseq(SeqLength, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования randseq с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

Seq = randseq(SeqLength, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...) генерирует последовательность из определенного алфавита.

Seq = randseq(SeqLength, ...'Weights', WeightsValue, ...) создает взвешенную случайную последовательность, где iдесятая буква алфавита последовательности выбирается с весом W(i). Весовой вектор обычно является вектором вероятности или вектором счета частот. Обратите внимание, что i-й элемент нуклеотидного алфавита задаётся int2nt(i), и i-й элемент аминокислотного алфавита задается int2aa(i).

Seq = randseq(SeqLength, ...'FromStructure', FromStructureValue, ...) создает взвешенную случайную последовательность с весами, заданными структурой вывода из basecount, dimercount, codoncount, или aacount.

Seq = randseq(SeqLength, ...'Case', CaseValue, ...) указывает регистр для буквенной последовательности.

Seq = randseq(SeqLength, ...'DataType', DataTypeValue, ...) указывает тип данных для массива последовательностей.

Примеры

Генерировать случайную последовательность ДНК.

randseq(20)

ans =
TAGCTGGCCAAGCGAGCTTG

Генерировать случайную последовательность РНК.

randseq(20,'alphabet','rna')

ans = 
GCUGCGGCGGUUGUAUCCUG

Генерировать случайную белковую последовательность.

randseq(20,'alphabet','amino')

ans =
DYKMCLYEFGMFGHFTGHKK

См. также

hmmgenerate | rand | randperm | randsample

Представлен до R2006a

Документация