Подсчет кодонов в нуклеотидной последовательности
Codons = codoncount(SeqNT)
[Codons, CodonArray] = codoncount(SeqNT)
... = codoncount(SeqNT, ...'Frame', FrameValue, ...)
... = codoncount(SeqNT, ...'Reverse', ReverseValue, ...)
... = codoncount(SeqNT, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
... = codoncount(SeqNT, ...'Figure', FigureValue, ...)
... = codoncount(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
SeqNT | Одно из следующих:
Примеры: |
FrameValue | Целое число, определяющее рамку считывания в нуклеотидной последовательности. Варианты: |
ReverseValue | Контролирует возврат количества кодонов для обратной последовательности комплемента нуклеотидной последовательности, указанной |
AmbiguousValue | Символьный вектор или строка, указывающая, как обрабатывать кодоны, содержащие неоднозначные нуклеотидные символы (
|
FigureValue | Управляет отображением тепловой карты количества кодонов. Варианты: |
GeneticCodeValue | Целое число, символьный вектор или строка, указывающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию: Совет При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени. |
Codons | Структура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA, AAC, AAG, ..., TTG, TTT), которые содержат количество кодонов в SeqNT. |
CodonArray | Массив 4 на 4, содержащий необработанные данные подсчета для каждого кодона. Три измерения соответствуют трем положениям в кодоне, и индексы для каждого элемента представлены 1 = A, 2 = C, 3 = G, и 4 = T. Например, элемент (2,3,4) в массиве содержит количество CGT кодоны. |
Codons = codoncount(SeqNT)SeqNTнуклеотидная последовательность и возвращает количество кодонов в Codonsструктура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA, AAC, AAG, ..., TTG, TTT).
Для последовательностей, которые имеют кодоны, содержащие символ U, эти кодоны добавляют к соответствующим кодонам, содержащим T.
Если последовательность содержит пробелы, обозначенные дефисом (-), то кодоны, содержащие промежутки, игнорируются.
Если последовательность содержит нераспознанные символы, то кодоны, содержащие эти символы, игнорируются, и появляется следующее предупреждающее сообщение:
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
[ прибыль Codons, CodonArray] = codoncount(SeqNT)CodonArray, множество 4 на 4 на 4, содержащее сырые данные количества для каждого кодона. Три измерения соответствуют трем положениям в кодоне, и индексы для каждого элемента представлены 1 = A, 2 = C, 3 = G, и 4 = T. Например, элемент (2,3,4) в массиве содержит количество CGT кодоны.
... = codoncount( требования SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)codoncount с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
... = codoncount( подсчитывает кодоны в рамке считывания, указанной SeqNT, ...'Frame', FrameValue, ...)FrameValue, который может быть 1 (по умолчанию), 2, или 3.
... = codoncount( контролирует возврат количества кодонов для обратной комплементной последовательности SeqNT, ...'Reverse', ReverseValue, ...)SeqNT. Варианты: true или false (по умолчанию).
... = codoncount( определяет способ обработки кодонов, содержащих неоднозначные нуклеотидные символы. Возможны следующие варианты:SeqNT, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
'ignore' (по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'warn'
... = codoncount( управляет отображением тепловой карты количества кодонов. Варианты: SeqNT, ...'Figure', FigureValue, ...)true или false (по умолчанию).
... = codoncount( управляет наложением сетки на рисунке тепловой карты. Сетка группирует синонимичные кодоны по SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)GeneticCodeValue.
seq = randseq(1000); codons = codoncount(seq)
codons = struct with fields:
AAA: 11
AAC: 5
AAG: 8
AAT: 6
ACA: 6
ACC: 7
ACG: 4
ACT: 7
AGA: 6
AGC: 9
AGG: 5
AGT: 2
ATA: 6
ATC: 4
ATG: 4
ATT: 6
CAA: 3
CAC: 5
CAG: 7
CAT: 10
CCA: 5
CCC: 4
CCG: 8
CCT: 5
CGA: 7
CGC: 6
CGG: 5
CGT: 5
CTA: 4
CTC: 7
CTG: 4
CTT: 5
GAA: 5
GAC: 6
GAG: 5
GAT: 4
GCA: 3
GCC: 2
GCG: 8
GCT: 5
GGA: 6
GGC: 7
GGG: 10
GGT: 4
GTA: 2
GTC: 6
GTG: 5
GTT: 2
TAA: 2
TAC: 4
TAG: 1
TAT: 4
TCA: 6
TCC: 2
TCG: 5
TCT: 5
TGA: 4
TGC: 1
TGG: 5
TGT: 8
TTA: 6
TTC: 1
TTG: 8
TTT: 5
Подсчитывают кодоны во втором кадре для обратного дополнения последовательности.
r2codons = codoncount(seq,'Frame',2,'Reverse',true)
r2codons = struct with fields:
AAA: 5
AAC: 2
AAG: 5
AAT: 6
ACA: 8
ACC: 4
ACG: 5
ACT: 2
AGA: 5
AGC: 5
AGG: 5
AGT: 7
ATA: 4
ATC: 4
ATG: 10
ATT: 6
CAA: 8
CAC: 5
CAG: 4
CAT: 4
CCA: 5
CCC: 10
CCG: 5
CCT: 5
CGA: 5
CGC: 8
CGG: 8
CGT: 4
CTA: 1
CTC: 5
CTG: 7
CTT: 8
GAA: 1
GAC: 6
GAG: 7
GAT: 4
GCA: 1
GCC: 7
GCG: 6
GCT: 9
GGA: 2
GGC: 2
GGG: 4
GGT: 7
GTA: 4
GTC: 6
GTG: 5
GTT: 5
TAA: 6
TAC: 2
TAG: 4
TAT: 6
TCA: 4
TCC: 6
TCG: 7
TCT: 6
TGA: 6
TGC: 3
TGG: 5
TGT: 6
TTA: 2
TTC: 5
TTG: 3
TTT: 11
Создайте тепловую карту кодонов и наложите сетку, которая группирует синонимичные кодоны согласно стандартному генетическому коду.
codoncount(seq,'Figure', true);AAA - 11 AAC - 5 AAG - 8 AAT - 6 ACA - 6 ACC - 7 ACG - 4 ACT - 7 AGA - 6 AGC - 9 AGG - 5 AGT - 2 ATA - 6 ATC - 4 ATG - 4 ATT - 6 CAA - 3 CAC - 5 CAG - 7 CAT - 10 CCA - 5 CCC - 4 CCG - 8 CCT - 5 CGA - 7 CGC - 6 CGG - 5 CGT - 5 CTA - 4 CTC - 7 CTG - 4 CTT - 5 GAA - 5 GAC - 6 GAG - 5 GAT - 4 GCA - 3 GCC - 2 GCG - 8 GCT - 5 GGA - 6 GGC - 7 GGG - 10 GGT - 4 GTA - 2 GTC - 6 GTG - 5 GTT - 2 TAA - 2 TAC - 4 TAG - 1 TAT - 4 TCA - 6 TCC - 2 TCG - 5 TCT - 5 TGA - 4 TGC - 1 TGG - 5 TGT - 8 TTA - 6 TTC - 1 TTG - 8 TTT - 5
aacount | basecount | baselookup | codonbias | dimercount | nmercount | ntdensity | seqcomplement | seqrcomplement | seqreverse | seqwordcount