Exponenta Banner
exponenta event banner

rnaconvert

Преобразование вторичной структуры последовательности РНК между скобками и матричными обозначениями

Синтаксис

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct)

Входные аргументы

RNAStructВторичная структура последовательности РНК, представленной либо:

  • Обозначение скобок

  • Матрица подключения

Совет

Используйте rnafold функция для создания RNAStruct.

Выходные аргументы

RNAStruct2Вторичная структура последовательности РНК, представленной либо:

  • Обозначение скобки - символьный вектор или строка, содержащая точки и скобки, где каждая точка представляет непарное основание, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет собой базовую пару.

  • Матрица связности - двоичная, верхнетреугольная матрица, где RNAmatrix(i, j) = 1 если и только если i-й остаток в последовательности РНК Seq в паре с j-й остаток Seq.

Описание

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct) прибыль RNAStruct2, вторичная структура последовательности РНК, в матричной записи (если RNAStruct в обозначении скобок), или в обозначении скобок (если RNAStruct в матричной нотации).

Примеры

Пример 76. Преобразование из скобки в матричную нотацию

  1. Создайте вектор символов, представляющий вторичную структуру последовательности РНК в скобках.

    Bracket = '(((..((((.......)))).((.....)).))).';

  2. Преобразование вторичной структуры в представление матрицы связности.

    Matrix = rnaconvert(Bracket);
Пример 77. Преобразование из обозначения матрицы в обозначение скобки

  1. Создайте матрицу связности, представляющую вторичную структуру последовательности РНК.

        Matrix2 = zeros(12);
    Matrix2(1,12) = 1;
    Matrix2(2,11) = 1;
    Matrix2(3,10) = 1;
    Matrix2(4,9) = 1;

  2. Преобразование вторичной структуры в нотацию скобок.

    Bracket2 = rnaconvert(Matrix2)

Bracket2 =

((((....))))

См. также

|

Представлен в R2007b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка