Предсказать минимальную свободноэнергетическую вторичную структуру последовательности РНК
rnafold(Seq)
RNAbracket = rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy] = rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy, RNAmatrix] = rnafold(Seq)
... = rnafold(Seq, ...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...)
... = rnafold(Seq, ...'NoGU', NoGUValue, ...)
... = rnafold(Seq, ...'Progress', ProgressValue, ...)
Seq | Одно из следующих действий:
|
MinLoopSizeValue | Целое число, указывающее минимальный размер циклов (в базах), которые должны учитываться при вычислении свободной энергии. По умолчанию: 3. |
NoGUValue | Управляет запретом на формирование пар GU или UG. Варианты: true или false (по умолчанию). |
ProgressValue | Управляет отображением индикатора выполнения во время вычисления минимальной вторичной структуры свободной энергии. Варианты: true или false (по умолчанию). |
RNAbracket | Символьный вектор точек и скобок, обозначающих скобку для минимально свободной энергетической вторичной структуры последовательности РНК. В обозначении скобок каждая точка представляет непарное основание, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет собой пару оснований. |
Energy | Значение, определяющее энергию (в ккал/моль) минимальной свободной энергетической вторичной структуры последовательности РНК. |
RNAmatrix | Матрица связности, представляющая минимальную вторичную структуру РНК. Двоичная, верхнетреугольная матрица, где i-й остаток в последовательности РНК Seq в паре с j-й остаток Seq. |
rnafold( предсказывает и отображает вторичную структуру (в скобках), связанную с минимальной свободной энергией для последовательности РНК, Seq)Seq, используя термодинамический подход ближайшего соседа.
Примечание
Для длинных последовательностей это предсказание может занять много времени. Например, 600-нуклеотидная последовательность может занять несколько минут, а последовательности, превышающие 1000 нуклеотидов, могут занять более 1 часа, в зависимости от вашей системы.
RNAbracket = rnafold(Seq)Seq, используя термодинамический подход ближайшего соседа. Возвращенная структура, RNAbracket, в обозначении скобок, то есть вектор точек и скобок, где каждая точка представляет непарное основание, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет собой пару оснований.
[ также возвращает RNAbracket, Energy] = rnafold(Seq)Energy, значение энергии (в ккал/моль) минимальной свободной энергетической вторичной структуры последовательности РНК.
[ также возвращает RNAbracket, Energy, RNAmatrix] = rnafold(Seq)RNAmatrixматрица связности, представляющая вторичную структуру, связанную с минимальной свободной энергией. RNAmatrix - верхняя треугольная матрица, где RNAmatrix(i, j) = 1i-й остаток в последовательности РНК Seq в паре с j-й остаток Seq.
... = rnafold( требования Seq, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)rnafold с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
задает минимальный размер петель (в базах), которые должны учитываться при вычислении свободной энергии. По умолчанию: ... = rnafold(Seq, ...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...)3.
... = rnafold(Seq, ...'NoGU', NoGUValue, ...)true или false (по умолчанию).
... = rnafold(Seq, ...'Progress', ProgressValue, ...)true или false (по умолчанию).
Определите минимальную вторичную структуру свободной энергии (как в скобках, так и в матричной нотации) и значение энергии следующей последовательности РНК:
seq = 'ACCCCCUCCUUCCUUGGAUCAAGGGGCUCAA';
[bracket, energy, matrix] = rnafold(seq);bracket
bracket =
..(((((...((....))...))))).....[1] Вучти, С., Фонтана, В., Хофакер, И., и Шустер, П. (1999). Полное неоптимальное сворачивание РНК и стабильность вторичных структур. Биополимеры 49, 145-165.
[2] Мэтьюз, Д., Сабина, Дж., Зукер, М., и Тернер, Д. (1999). Расширенная последовательная зависимость термодинамических параметров улучшает прогноз вторичной структуры РНК. Дж. Мол. Биоль. 288, 911-940.