Создание точечного графика из двух последовательностей
seqdotplot(Seq1, Seq2)
seqdotplot(Seq1,Seq2, Window, Number)
Matches = seqdotplot(...)
[Matches, Matrix] = seqdotplot(...)
Seq1, Seq2 | Нуклеотидные или аминокислотные последовательности. Введите символьный вектор или строку для каждой последовательности. Не вводите вектор целых чисел. Можно также ввести структуру с полем. Sequence. |
Window | Введите целое число для размера окна. |
Number | Введите целое число символов в соответствующем окне. |
seqdotplot( строит график, который визуализирует совпадение между двумя последовательностями.Seq1, Seq2)
seqdotplot( графики последовательности соответствуют, когда есть, по крайней мере, Seq1,Seq2, Window, Number)NumberWindow
При построении графика нуклеотидных последовательностей начните с Window из 11 и Number из 7.
Matches = seqdotplot(...)
[ возвращает точечный график в виде разреженной матрицы.Matches, Matrix] = seqdotplot(...)
Этот пример показывает сходство между нуклеотидными последовательностями прионного белка (PrP) двух жвачных животных, муфлона и золотистого такина.
moufflon = getgenbank('AB060288','Sequence',true);
takin = getgenbank('AB060290','Sequence',true);
seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Примечание
Для правильной интерпретации точечного графика разрешение экрана монитора должно содержать значения длины последовательности. Если решение не является адекватным, seqdotplot изменяет размер изображения и возвращает предупреждение.
Matches = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Matches =
5552
[Matches, Matrix] = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)