3-D структуры белков и молекул часто необходимы для понимания их функций на молекулярном уровне. Биоинформатика Toolbox™ позволяет импортировать такую структурную информацию, хранящуюся в файлах банка данных белка (PDB), и визуализировать их в интерактивном режиме. Наложите структуры и проанализируйте их с помощью рамачандранских графиков. Также можно предсказать и нарисовать вторичную структуру последовательности РНК.